Der BFH hat mit zwei teilweise inhaltsgleichen Urteilen entschieden, dass der § 7 Satz 2 Nr. 2 GewStG unterfallende Gewinn aus der Veräußerung eines Anteils an der Oberpersonengesellschaft nicht auf die stillen Reserven der Oberpersonengesellschaft und die stillen Reserven der Unterpersonengesellschaft aufzuteilen ist (Az. IV R 40/22, IV R 9/23).
Nach ständiger Rechtsprechung sind Gewinne aus der Veräußerung oder Aufgabe eines Gewerbebetriebs oder eines Teilbetriebs bei einem Einzelgewerbetreibenden oder einer Personengesellschaft ‑ nicht aber bei einer Kapitalgesellschaft ‑ bei der Ermittlung des Gewerbeertrags auszuscheiden, wenn damit die endgültige Einstellung der gewerblichen Betätigung verbunden ist. Soweit der Gewinn aus der Veräußerung oder Aufgabe des Betriebs oder eines Teilbetriebs einer Mitunternehmerschaft, eines Mitunternehmeranteils und des Anteils eines persönlich haftenden Gesellschafters einer KGaA nicht auf eine natürliche Person als unmittelbar beteiligter Mitunternehmer entfällt, gehört er nach § 7 Satz 2 GewStG zum Gewerbeertrag.
In den entschiedenen Streitfällen bestand jeweils eine doppelstöckige Personengesellschaftsstruktur, d. h. eine Oberpersonengesellschaft war an einer Unterpersonengesellschaft beteiligt. Unmittelbar veräußert wurden die Anteile an der Oberpersonengesellschaft. Der Veräußerungsgewinn entfiel nicht auf eine natürliche Person. Der BFH musste sich mit der höchstrichterlich noch nicht entschiedenen Frage auseinandersetzen, wie der Veräußerungsgewinn im Fall einer solchen doppelstöckigen Personengesellschaftsstruktur gewerbesteuerlich zu behandeln ist.
Nach Ansicht des BFH handelt es sich um einen einheitlichen Veräußerungsvorgang auf der Ebene der Oberpersonengesellschaft (so auch die Finanzverwaltung, R 7.1 Abs. 3 Satz 5 GewStR). Der nach § 7 Satz 2 Nr. 2 GewStG gewerbesteuerpflichtige Gewinn aus der Veräußerung eines Anteils an der Oberpersonengesellschaft sei somit nicht auf die stillen Reserven der Oberpersonengesellschaft und die stillen Reserven der Unterpersonengesellschaft aufzuteilen (keine „Durchstockung“). Außerdem komme könne der Gewerbeertrag der Oberpersonengesellschaft auch insoweit nicht nach § 9 Nr. 2 GewStG gekürzt werden, als der Veräußerungsgewinn auf stille Reserven der Unterpersonengesellschaft entfällt. Dies folge schon daraus, dass der Veräußerungsgewinn auf der Ebene der Oberpersonengesellschaf entstanden ist.