Varslingsreglene søker å legge til rette for at ansatte skal si fra om mulige kritikkverdige forhold uten å risikere negative konsekvenser fra arbeidsgiver eller kolleger. Likevel ser vi at enkelte ønsker å være anonyme. Anonyme varsler er tillatt, men medfører enkelte utfordringer for undersøkelsesarbeidet og for muligheten for imøtegåelse for den det varsles om. Varslingsreglene åpner for å tillate anonym varsling og det er også vanlig praksis for mange offentlige og private virksomheter. Bakgrunnen for at varslere ønsker å være anonyme er vanligvis frykt for negative konsekvenser ved å stå fram. Unntaksvis kan anonymitet være begrunnet i utenforliggende behov for å ramme virksomheten eller den det varsles om. Arbeidsgiver må uansett undersøke varselet gjennom en forsvarlig prosess som både sikrer at påstandene blir tatt på alvor og at den som påstandene retter seg mot får reell mulighet for å fremme sitt syn, dvs. rett til imøtegåelse (kontradiksjon)..
Det forekommer at den varselet retter seg mot krever å få vite varslerens identitet. Det anføres at dette er nødvendig for å kunne sikre rett til imøtegåelse (kontradiksjon) og dermed er nødvendig for at undersøkelsen skal være forsvarlig. Dette er et berettiget behov som må tas på alvor. Innsyn i varslers identitet kan også begrunnes med personvernhensyn. Hvor langt dette hensynet rekker er noe usikkert. Datatilsynet har f.eks. ikke tatt stilling til spørsmålet.
Den innledende dialog med varsler og den det er varslet om er viktig for å bringe på det rene om anonymiteten lar seg forene med en forsvarlig undersøkelsesprosess. Ofte er det mulig å komme i kontakt med en anonym varsler, eventuelt ved at vedkommende står fram overfor en representant for ekstern varslingskanal eller rådgiver, men er anonym overfor virksomheten og den det varsles om. En eventuell dialog kan føre til at varsler ved nærmere ettertanke velger å stå fram for å bidra til undersøkelsesarbeidet. Alternativt kan vurderingen være at påstandene i varselet lar seg undersøke og verifisere ut fra en bredere vurdering av faktagrunnlaget der varslers identitet ikke er avgjørende for å komme videre. Hva som er mulig i praksis kan bringes på det rene i en begrenset forundersøkelse der problemstillingen er å klarlegge behov og muligheter for videre undersøkelser. Dersom varsler loves anonymitet, må dette løftet holdes.