Zorganizowana część przedsiębiorstwa w strukturach holdingowych – nowe akcenty w orzecznictwie

Najnowsze orzecznictwo sądów administracyjnych w przedmiocie interpretacji pojęcia zorganizowanej części przedsiębiorstwa istotne z punktu widzenia struktur holdingowych i możliwości korzystnego podatkowo przeprowadzenia reorganizacji.

Zorganizowana część przedsiębiorstwa (też jako: „ZCP”) od wielu lat pozostaje jednym z najbardziej problematycznych, a jednocześnie najbardziej doniosłych pojęć polskiego prawa podatkowego. Z jednej strony stanowi ona kluczowy instrument umożliwiający przeprowadzanie neutralnych podatkowo reorganizacji działalności gospodarczej, z drugiej zaś – pomimo pozornie jasnej i wielokrotnie analizowanej definicji ustawowej – wciąż rodzi istotne wątpliwości interpretacyjne.

„Właściwie wątpliwości nie powstają jedynie w sytuacji, gdy przedmiotem zbycia są wszystkie składniki majątkowe i dodatkowo zbywca przenosi na nabywcę wszelkie zobowiązania związane z prowadzeniem przedsiębiorstwa [podkr. KPMG]. Tylko w takim przypadku podatnicy mogą mieć pewność, że konsekwencje podatkowe dokonywanej czynności powinny być ustalone przy założeniu, że przedmiotem transakcji jest przedsiębiorstwo, a zatem że w razie ewentualnej kontroli podatkowej organy nie zmienią kwalifikacji przedmiotu transakcji, uznając, że był on "zwykłym" zespołem składników majątkowych”.  - J. Pustuł, 2. Przedsiębiorstwo [w:] Wykładnia i stosowanie prawa podatkowego. Węzłowe problemy, red. B. Brzeziński, Warszawa 2013.

Kontrowersje te ujawniają się ze szczególną intensywnością w odniesieniu do struktur holdingowych, gdzie klasyczne, operacyjne rozumienie działalności gospodarczej coraz częściej rozmija się z realiami funkcjonowania nowoczesnych grup kapitałowych.

Istota sporu wokół kwalifikacji zorganizowanej części przedsiębiorstwa w strukturach holdingowych nie dotyczy bowiem literalnej treści definicji ustawowej, lecz odpowiedzi na pytanie, czy działalność polegająca na zarządzaniu i nadzorze nad spółkami zależnymi może sama w sobie stanowić działalność gospodarczą zdolną do wyodrębnienia jako ZCP.

Pomimo bogatego dorobku interpretacyjnego i orzeczniczego, pojęcie zorganizowanej części przedsiębiorstwa nadal pozostaje źródłem istotnych niepewności, przy czym wątpliwości te w sposób szczególny koncentrują się wokół struktur holdingowych dysponujących udziałami w spółkach zależnych. To właśnie w takich przypadkach granica pomiędzy „zorganizowanym zespołem składników materialnych i niematerialnych służących prowadzeniu działalności gospodarczej” a „zbiorem aktywów o charakterze inwestycyjnym” okazuje się najbardziej płynna i sporna, a rozstrzygnięcia organów podatkowych – najmniej przewidywalne.

W tym kontekście na szczególną uwagę zasługuje wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 9 stycznia 2026 r. (sygn. III SA/Wa 1992/25), nieprawomocny, w którym sąd w sposób wyraźny i przemyślany zakwestionował dominującą dotychczas narrację organów podatkowych w zakresie kwalifikacji działalności holdingowej jako potencjalnej zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Wyrok ten nie tylko przyniósł rozstrzygnięcie w indywidualnej sprawie, lecz również dostarczył argumentacji o znaczeniu szerszym, systemowym.

Definicja zorganizowanej części przedsiębiorstwa, zawarta w art. 4a pkt 4 ustawy o CIT, odwołuje się do trzech klasycznych przesłanek: 1) wyodrębnienia organizacyjnego, 2) finansowego oraz 3) funkcjonalnego, przy czym kluczowe znaczenie przypisywane jest zdolności wydzielanego zespołu składników do samodzielnego funkcjonowania jako niezależne przedsiębiorstwo. Już na poziomie literalnym definicja ta pozostawia jednak pewien margines interpretacyjny, który w praktyce był przez lata wypełniany przez organy podatkowe w sposób dość jednolity.

W praktyce interpretacyjnej ukształtował się bowiem silnie „operacyjny” wzorzec ZCP, w ramach którego za modelowe uznawane są przede wszystkim te sytuacje, w których wydzielany fragment działalności wyposażony jest w materialne aktywa, personel wykonawczy oraz bezpośrednie relacje z rynkiem. W takim ujęciu ZCP jawi się jako swoiste „mini-przedsiębiorstwo”, zdolne niemal natychmiast po wydzieleniu do kontynuowania działalności w niezmienionym zakresie. Taki sposób rozumienia ZCP nie wynika wprost z treści art. 4a pkt 4 ustawy o CIT, lecz został wypracowany w drodze praktyki interpretacyjnej, w której pojęcie samodzielności funkcjonalnej utożsamiano przede wszystkim z bezpośrednim wykonywaniem czynności operacyjnych.

Dobrym przykładem takiego podejścia jest interpretacja indywidualna z 25 kwietnia 2025 r. (sygn. 0111-KDIB2-1.4010.95.2025.2.ED), w której organ podatkowy potwierdził istnienie ZCP, wskazując, że do wydzielanego obszaru działalności przypisani zostali pracownicy organizacyjnie i funkcjonalnie związani z realizowanymi procesami, działalność obejmuje pełny cykl określonych czynności gospodarczych, a także przypisane są do niej konkretne umowy, aktywa oraz wyodrębnione zarządzanie na poziomie organów spółki.

Analogicznie, w interpretacji indywidualnej z 12 grudnia 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-2.4010.517.2024.2.SJ) organ podatkowy jednoznacznie wskazał, że dwa wyodrębnione piony działalności spełniają wszystkie przesłanki niezbędne do uznania ich za zorganizowane części przedsiębiorstwa, a w konsekwencji planowany podział przez wydzielenie nie skutkuje powstaniem przychodu podatkowego po stronie spółki dzielonej. W uzasadnieniu wyraźnie zaakcentowano, że każdy z wydzielonych zespołów składników – wyposażony w odpowiednie zasoby osobowe, majątkowe i organizacyjne – może samodzielnie realizować przypisane mu zadania gospodarcze, niezależnie od pozostałej części przedsiębiorstwa.

W obu tych przypadkach mamy do czynienia z sytuacjami, w których ZCP utożsamiana jest z działalnością bezpośrednio operacyjną, relatywnie łatwą do uchwycenia z perspektywy klasycznych kategorii prawa podatkowego.

Na przeciwległym biegunie znajdują się sprawy dotyczące struktur holdingowych, w których organy podatkowe prezentują stanowisko negatywne. Wyrazem tego podejścia była interpretacja indywidualna z 18 czerwca 2025 r. (sygn. 0111-KDIB2-1.4010.147.2025.3.BJ), w której organ odmówił wnioskodawcy (oznaczanego w tejże interpretacji też jako spółka dzielona) uznania planowanego do wydzielenia działu holdingowo-zarządczego za zorganizowaną część przedsiębiorstwa.

W uzasadnieniu interpretacji wskazano m.in., że działalność, mającego być przedmiotem wydzielenia działu opiera się w głównej mierze o posiadanie większościowych udziałów w dwóch spółkach z grupy (dalej też jako: „spółki zależne”) i sprawowanie funkcji zarządczych i holdingowych, wynikających z faktu posiadania tych udziałów. W ocenie organu zasadnicze czynności operacyjne realizowane są przez spółki zależne, tj. to one są stronami umów z kontrahentami i to one prowadzą działalność gospodarczą sensu stricto. Organ uznał, że spółka dzielona nie może dokonać wydzielenia części działalności, która funkcjonuje w istocie w ramach innych podmiotów, tj. w ramach spółek zależnych. W rezultacie, organ przyjął, że to, co planuje się wydzielić, to jedynie zbiór głównie składników niematerialnych, rożnego rodzaju umów i udziałów w spółkach zależnych, którego to zbioru nie sposób zdefiniować jako ZCP w rozumieniu ustawy o CIT.

Co więcej, organ podniósł również argument, że skoro w spółce dzielonej pozostaje inny dział realizujący analogiczne funkcje holdingowe wobec pozostałej części grupy, to nie dochodzi do rzeczywistego wyodrębnienia funkcjonalnego, a działalność wydzielana stanowi jedynie powielenie aktywności działu pozostającego w spółce dzielonej.

W następstwie powyższej argumentacji, w ocenie organu działalność wydzielonego działu nie stanowi ZCP, tym samym jego wydzielenie do spółki przejmującej będzie skutkować powstaniem przychodu po stronie spółki dzielonej podlegającego opodatkowaniu na podstawie normy art. 12 ust. 1 pkt 9 ustawy o CIT. 

Stanowisko organu zostało zakwestionowane przez Wojewódzki Sąd Administracyjny (dalej też: „WSA” lub „sąd”) w Warszawie, który wyrokiem z 9 stycznia 2026 r., sygnatura: III SA/Wa 1992/25, uchylił wyżej omawianą interpretację indywidualną z 18 czerwca 2025 r. Uzasadnienie wyroku precyzuje motywy rozstrzygnięcia sądu oraz sposób wykładni zastosowanych przepisów, przy czym dalszy bieg sprawy pozostaje otwarty, ponieważ wyrok jest nieprawomocny.

W uzasadnieniu sąd w sposób wskazał na istotne tezy z orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego, w tym m. in.: „wymagane jest, aby zorganizowana część przedsiębiorstwa mogła stanowić potencjalnie niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące zadania gospodarcze, których realizacji służy w istniejącym przedsiębiorstwie. Natomiast, wyodrębnienie funkcjonalne należy rozumieć jako przeznaczenie do realizacji określonych zadań gospodarczych. Zorganizowana część przedsiębiorstwa powinna stanowić funkcjonalnie odrębną całość - obejmować elementy niezbędne do samodzielnego prowadzenia działań gospodarczych, którym służy w strukturze przedsiębiorstwa.”

W swojej argumentacji WSA wskazał, że działalność o charakterze holdingowym i zarządczym niewątpliwie stanowi działalność gospodarczą.

Sąd podkreślił, że: stanowisko organu interpretacyjnego oparte jest na nieprawidłowej wykładni przepisu art. 4a pkt 4 ustawy o CIT. Stanowisko organu można – w pewnym uproszczeniu […] - sprowadzić do tego, że to spółki z grupy kapitałowej wykonują funkcje wynikające z umów dot. budowy i serwisowania farm i magazynów energii, działalność Spółki w zakresie Działu N opiera się w głównej mierze na posiadaniu większościowych udziałów w tychże spółkach i sprawowaniu funkcji zarządczych i holdingowych (co wyklucza samodzielność i odrębność organizacyjną i finansową).

Stanowisko w tym zakresie jest jednak błędne, skoro działalność wykonywana przez Spółkę polegająca na sprawowaniu funkcji zarządczych i holdingowych stanowi odrębną i istotną działalność (odrębną od działalności spółek zależnych).

Okoliczność tego, że spółki zależne prowadzą określoną działalność nie świadczy o tym, że spółka posiadająca w nich udziały i sprawująca funkcje zarządcze i holdingowe (w tychże spółkach) nie prowadzi odrębnej działalności (od tych spółek).

Możliwość prowadzenia samodzielnej działalności przez wyodrębniony ze Spółki Dział N (i drugi dział) należy zatem odnieść do działalności Spółki (jako takiej), a nie działalności spółek zależnych.

Przyjęcie stanowiska organu interpretacyjne jest w istocie równoznaczne z przyjęciem, że Spółka (prowadząc działalność zarządczą i holdingową) nie prowadzi działalności gospodarczej (prowadzą je zaś jedynie spółki zależne) – takie stanowisko jest, w ocenie Sądu, błędne i niczym nieuzasadnione.

W konsekwencji zatem rozważenie m.in. odrębności organizacyjnej i finansowej obu działów należy rozpatrywać w kontekście działalności Spółki (prowadzącej działalność zarządczą i holdingową), a nie działalności spółek zależnych.

To nie spółki zależne mają się bowiem dzielić (i konieczne jest rozważenie możliwości zakwalifikowania poszczególnych zespołów ich składników majątkowych jako zorganizowanych części przedsiębiorstwa) ile Skarżąca – prowadząca m.in. działalność holdingową i zarządczą – ma się podzielić (na dwa opisane Działy) i możliwość samodzielności prowadzenia przez te działy i ich odpowiedniego wyodrębnienia należy zbadać analizując spełnienie przesłanki, o której mowa w art. 4a ust. 4 ustawy o CIT.

W świetle uzasadnienia wyroku należy przyjąć, że zorganizowanie, istnienie zespołu osobowego, rzeczowego oraz zobowiązaniowego może w pełni wypełniać przesłanki przedsiębiorstwa, nawet jeżeli działalność jest działalnością holdingową i zarządczą.

Podsumowując, WSA wyraźnie odrzucił założenie, że samodzielność funkcjonalna musi oznaczać bezpośrednie wykonywanie czynności operacyjnych wobec rynku. Nie stanowi przeszkody dla uznania, że działalność holdingowa i zarządcza stanowi działalność gospodarczą, fakt, że to spółki zależne realizują projekty operacyjne. To właśnie ta działalność (holdingowa i zarządcza) – oceniana całościowo – stanowi punkt wyjścia do analizy, czy dany dział może funkcjonować jako zorganizowana część przedsiębiorstwa.

Znaczenie omawianego wyroku wykracza przy tym poza samą kwalifikację wydzielanego zespołu składników jako ZCP. W praktyce bowiem otwiera on realną przestrzeń do zastosowania neutralności podatkowej przy podziale przez wydzielenie działów / jednostek o charakterze holdingowym. Oczywiście nie oznacza to automatyzmu – nadal bowiem, zgodnie z art. 12 ust. 14 ustawy o CIT, konieczne jest wykazanie istnienia uzasadnionych przyczyn ekonomicznych reorganizacji. Niemniej sam fakt, że sąd zdecydował się odejść od najbardziej „utartej” ścieżki interpretacyjnej i dopuścił możliwość budowania ZCP wokół działalności holdingowo-zarządczej, należy uznać za istotny krok w kierunku bardziej funkcjonalnego podejścia do reorganizacji grup kapitałowych.

Sąd odniósł się również do argumentu organu, zgodnie z którym istnienie w spółce innego działu prowadzącego podobną działalność holdingową i zarządczą miałoby samo w sobie wykluczać możliwość uznania wydzielanego działu za ZCP. W uzasadnieniu wyroku podkreślono, że utożsamianie podobieństwa profilu działalności z brakiem wyodrębnienia funkcjonalnego jest nieprawidłowe.

Tym samym WSA zaakceptował argumentację, zgodnie z którą fakt pozostawienia w spółce dzielonej podobnego funkcjonalnie działu nie stoi na przeszkodzie uznaniu wyodrębnionego na zewnątrz działu za zorganizowaną część przedsiębiorstwa. Sąd podkreślił, że oba działy mogą prowadzić działalność holdingową i zarządczą wobec różnych podmiotów, co uzasadnia ich odrębność funkcjonalną. Posłużono się przy tym przykładem wydzielenia jednej z dwóch w pełni skomercjalizowanych galerii handlowych, wskazując, że pozostawienie drugiej w strukturze spółki nie pozbawia pierwszej cech ZCP. „Nieprawidłowe jest stanowisko organu utożsamiające to, że oba działy prowadzą działalność holdingową i zarządczą (notabene w tym przypadku organ odnosi się do działalności Spółki, a nie spółek zależnych) z brakiem wyodrębnienia funkcjonalnego tychże. Zauważyć bowiem należy, że przecież oba działy prowadzą działalność holdingową i zarządczą w odniesieniu do innych spółek (inne są to spółki, inny jest ich profil).” Analogicznie – zdaniem sądu – należy oceniać sytuację w przypadku działalności holdingowej i zarządczej realizowanej przez dział pozostający w spółce dzielonej oraz dział wydzielany.

Omawiane rozstrzygnięcie warto postrzegać również w szerszym kontekście stopniowej ewolucji podejścia do struktur holdingowych w prawie podatkowym. Coraz częściej dostrzega się bowiem, że działalność holdingowa może być rzeczywista, zorganizowana i gospodarczo istotna, nawet jeżeli nie ma charakteru klasycznie operacyjnego.

Wyrazem takiego podejścia, w innym obszarze, a mianowicie podatku u źródła, są Objaśnienia podatkowe Ministra Finansów z 3 lipca 2025 r., w których wskazano, że:

„Oznacza to, że inne (niższe) wymogi co do zawartości tego substratu będą stawiane tzw. spółkom holdingowym niż spółkom operacyjnym. W przypadku spółek holdingowych posiadanie substratu majątkowo-osobowego sprowadza się, co do zasady, do odpowiednio doświadczonego personelu, faktycznie zaangażowanego w działalność podmiotu, posiadającego wystarczającą wiedzę ekspercką i wyposażonego w odpowiedni sprzęt biurowy (o ile inne okoliczności nie świadczą o braku tego substratu)”.

Choć Objaśnienia te nie dotyczą wprost instytucji zorganizowanej części przedsiębiorstwa, odzwierciedlają one kierunek wykładni pojęcia działalności gospodarczej i substratu organizacyjno-majątkowego w odniesieniu do holdingów, który pozostaje spójny z argumentacją zaprezentowaną przez WSA. W tym sensie omawiany wyrok WSA można postrzegać nie jako oderwany incydent, lecz jako element szerszej (choć wciąż ostrożnej) ewolucji podejścia do holdingów w prawie podatkowym – podejścia, które stopniowo odchodzi od automatycznego utożsamiania „rzeczywistej działalności gospodarczej” wyłącznie z działalnością operacyjną.

Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 9 stycznia 2026 r. (sygn. III SA/Wa 1992/25) nie stanowi jeszcze przełomu systemowego, ale niewątpliwie otwiera nową przestrzeń do interpretacji dla podatników planujących reorganizacje w ramach struktur holdingowych. Pokazuje on, że pojęcie zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie powinno być interpretowane w sposób schematyczny i oderwany od realiów gospodarczych, a działalność holdingowa może stanowić pełnoprawny przedmiot wyodrębnienia w ramach przedsiębiorstwa.

Z perspektywy praktycznej rozstrzygnięcie to istotnie wzmacnia argumentację podatników, że zarządzanie i nadzór właścicielski, wykonywane w sposób zorganizowany i przy wykorzystaniu odpowiednich zasobów, nie stanowią jedynie „funkcji pomocniczej”, lecz mogą być samodzielną działalnością gospodarczą zdolną do kwalifikacji jako zorganizowana część przedsiębiorstwa, a tym samym – przy spełnieniu przesłanek art. 12 ust. 14 ustawy o CIT – korzystać z neutralności podatkowej przy reorganizacjach grup kapitałowych.