Zmiany w funkcjonowaniu ePUAP – problemy praktyczne

Z początkiem nowego roku (2026), e-Doręczenia stały się obowiązującym systemem doręczeń elektronicznych w korespondencji pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi. Choć nowy system miał uprościć i ujednolicić komunikację z administracją publiczną, wygaszanie platformy ePUAP ujawniło w praktyce szereg problemów, z którymi mierzyć się muszą zarówno podatnicy, jak i ich pełnomocnicy. 

Z dniem 1 stycznia 2026 r. zakończył się okres przejściowy, w którym osoby fizyczne i podmioty niebędące podmiotami publicznymi, mimo obowiązku stosowania e-Doręczeń, mogły w dalszym ciągu komunikować się z podmiotami publicznymi z zastosowaniem alternatywnych metod doręczenia korespondencji, w tym za pośrednictwem ePUAP.

Od dnia zakończenia okresu przejściowego pisma:

• składane za pośrednictwem platformy ePUAP do organów podatkowych i organów KAS przez osoby fizyczne lub podmioty niebędące podmiotami publicznymi, a także
• pisma doręczane przez ePUAP przez organy podatkowe i organy KAS do osób fizycznych lub podmiotów niebędących podmiotami publicznymi,

nie są uznawane za skutecznie wniesione lub doręczone.

W konsekwencji pisma przesłane przez podatnika do organu podatkowego niewłaściwym kanałem komunikacji (np. przez ePUAP) zostaną pozostawione bez rozpatrzenia, a co szczególnie istotne, organy nie będą musiały o tym fakcie informować.

Zmiany związane z koniecznością stosowania e-Doręczeń w korespondencji pomiędzy podatnikami i organami podatkowy oraz organami KAS nie dotyczą jednak sytuacji, w których przepisy szczególne wprost wskazują ePUAP lub działającą w jej ramach Elektroniczną Skrzynkę Podawczą (ESP) jako dopuszczalny albo obowiązkowy kanał komunikacji.

Zgodnie z obowiązującymi przepisami, skargę do sądu administracyjnego wnosi się za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłość są przedmiotem skargi. Jeżeli skarga ma postać dokumentu elektronicznego, powinna zostać wniesiona do elektronicznej skrzynki podawczej tego organu.

Już w okresie przejściowym – w trakcie roku 2025 – regulacje te rodziły istotne wątpliwości praktyczne. Skargi wnoszone do organów podatkowych za pośrednictwem systemu e-Doręczeń bywały odrzucane, ponieważ w ocenie wojewódzkich sądów administracyjnych jedynym właściwym kanałem komunikacji z sądami, a zatem wysyłki skarg przez podatników lub ich pełnomocników pozostawał ePUAP, pomimo że technicznie skarga składana jest do organu, który dopiero następnie przekazuje ją do sądu wraz z aktami sprawy.

Podobne, zawężające podejście zaprezentowało Ministerstwo Cyfryzacji, które utożsamiając pojęcie „elektronicznej skrzynki podawczej organu” ze skrzynką funkcjonującą na platformie ePUAP, wskazało, że podatnikom ma zostać zapewniona możliwość wnoszenia skarg do wojewódzkich sądów administracyjnych za pośrednictwem ePUAP do dnia 30 września 2029 r.

Odmienny pogląd wyłania się jednak z orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego. NSA wskazuje, że pojęcie „elektronicznej skrzynki podawczej organu” nie powinno być ograniczane wyłącznie do ePUAP i może obejmować również inne systemy teleinformatyczne wykorzystywane przez dany organ (por. m.in. postanowienia NSA: z dnia 11.12.2025 r., I FSK 1696/25; z dnia 17.09.2025 r., I FSK 1176/25; z dnia 24.09.2025 r., I FSK 1395/25), co zdaje się sugerować możliwość skutecznego wnoszenia skarg kierowanych do wojewódzkich sądów administracyjnych również za pośrednictwem e-Doręczeń.

W efekcie, sposób wnoszenia skarg do wojewódzkich sądów administracyjnych pozostaje niejednoznaczny, a ze względów ostrożnościowych zasadnym wydaje się wnoszenie skarg za pośrednictwem platformy ePUAP, zgodnie z założeniami Ministerstwa Cyfryzacji.

Pomimo zapewnień Ministerstwa Cyfryzacji o dalszym funkcjonowaniu ePUAP, w praktyce na początku stycznia pojawiały się sytuacje, w których próba wysyłki pism przez ePUAP, w tym skarg do wojewódzkich sądów administracyjnych składanych za pośrednictwem organu podatkowego, kończyła się automatycznym przekierowaniem użytkownika do systemu e-Doręczeń.

Alternatywą pozostawała wysyłka pisma przez aplikację mObywatel, jednak rozwiązanie to również budzi wątpliwości. System nie umożliwia bowiem wyboru, czy pismo zostanie wysłane na skrzynkę ePUAP, czy na adres do e-Doręczeń adresata, a w przypadku, gdy odbiorca posiada adres do e-Doręczeń, korespondencja jest automatycznie kierowana właśnie tam.

Dodatkowe problemy pojawiły się w praktyce dużych spółek czy kancelarii prawnych i podatkowych, gdzie czynności techniczne związane z wysyłką pism często wykonuje jedna lub kilka ściśle wyznaczonych osób. Powstaje wówczas pytanie, czy dopuszczalne jest wniesienie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego z wykorzystaniem konta ePUAP lub mObywatel osoby innej niż sama strona postępowania lub umocowany przez nią pełnomocnik.

Próbując odpowiedzieć na te wątpliwości należy zauważyć, że przepisy nie regulują tych kwestii wprost. Nie istnieje bowiem przepis, który:

• zakazywałby wysyłki skargi przez osobę inną niż pełnomocnik,
• nakazywałby, aby skarga była wysyłana wyłącznie z konta strony lub pełnomocnika,
• przewidywałby odrzucenie skargi z powodu wysyłki skargi z konta osoby trzeciej.

W konsekwencji zasadnym zdaje się uznanie, że sama wysyłka pisma ma charakter czynności technicznej, a decydujące znaczenie dla skuteczności wniesienia skargi ma spełnienie wymogów formalnych, w tym jej prawidłowe podpisanie przez stronę lub pełnomocnika. Przy spełnieniu tych warunków wniesienie skargi z wykorzystaniem konta osoby trzeciej (np. za pośrednictwem mObywatela pracownika kancelarii) w naszej ocenie, powinno być uznane za dopuszczalne.

Wygaszanie platformy ePUAP uwidacznia również inne, następujące trudności praktyczne:

• wielość systemów teleinformatycznych – jednoczesne funkcjonowanie platformy ePUAP, która może być stosowana wyłącznie w szczególnie określonych przypadkach i e-Doręczeń jako docelowego kanału komunikacji podatników z organami podatkowymi, a także e-Urzędu Skarbowego oraz mObywatela powoduje dezorientację użytkowników i może zwiększać ryzyko wyboru niewłaściwego kanału komunikacji z organem podatkowym lub organem KAS;
• ryzyko uchybienia terminom – pisma wniesione niewłaściwym kanałem (np. poprzez ePUAP, gdy nie jest on dopuszczalny) pozostają bez rozpatrzenia, a organy nie mają obowiązku informowania o tym wnoszącego. W praktyce oznacza to realne ryzyko uchybienia terminom, koniecznością składania wniosków o przywrócenie terminu, a w skrajnych przypadkach ryzyko utraty prawa do wniesienia środka zaskarżenia czy wniosku podatnika, co może mieć dotkliwe skutki dla strony;
• fikcja doręczenia w e-Doręczeniach – jeśli adresat nie zapozna się z korespondencją w ciągu 14 dni, system uznaje pismo za doręczone, a od tej chwili biegną wszystkie terminy procesowe. Brak regularnego sprawdzania skrzynki nie wstrzymuje skutków prawnych doręczenia, dlatego monitoring skrzynki do e-Doręczeń jest niezbędny dla zachowania skutecznego uczestnictwa w postępowaniu.

W konsekwencji zmian, mających na celu usprawnienie komunikacji z organami i sądami, doszło do sytuacji w której na skutek wygaszenia ePUAP i wdrażania e-Doręczeń powstało wiele problemów praktycznych, które mogą mieć realny wpływ na skuteczność podejmowanych czynności procesowych, w szczególności w sprawach sądowoadministracyjnych. W związku z tym do czasu ukształtowania się jednolitej praktyki, warto zachować szczególną ostrożność przy wyborze kanału komunikacji z organami.

W przypadku wątpliwości lub problemów związanych z wnoszeniem pism drogą elektroniczną zachęcamy do kontaktu – chętnie pomożemy ocenić sytuację i wybrać najbezpieczniejsze rozwiązanie.

Źródła:

Ustawa z dnia 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 3)

Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 z późn. zm.)

Zmiany w zasadach składania podań utrwalonych w postaci elektronicznej do organów podatkowych i organów KAS, https://www.gov.pl/web/finanse/zmiany-w-zasadach-skladania-podan-utrwalonych-w-postaci-elektronicznej-do-organow-podatkowych-i-organow-kas

Stanowisko Ministerstwa Cyfryzacji w sprawie komunikacji elektronicznej podmiotów publicznych od 01.01.2026 roku, https://www.gov.pl/web/e-doreczenia/stanowisko-ministerstwa-cyfryzacji-w-sprawie-komunikacji-elektronicznej-podmiotow-publicznych-od-01012026-roku