105年房地合一稅新制上路後，由於新制是以不動產持有期間長短適用所得稅率，因此可能會出現繼承人在繼承不動產之後，於短期內繼承人再出售該繼承取得的不動產時，由於取得成本是以不動產繼承時的土地公告現值或房屋評定現值計算取得成本，加上因持有期間較短，需適用較高稅率如35％，而導致需繳納高額的房地合一稅。
案例
實務上曾發生一男性年輕藝人因主動脈剝離逝世，並留下了一間價值約4,000萬元的房子，因該名藝人未婚，因此該不動產就由其父母繼承。但據新聞報導，該不動產仍有2,000萬元房貸，如果繼承人因無法承擔貸款而欲變賣，在繼承登記後2年內就出售該不動產，若當初不動產是在105年以後才購買，則出售不動產將適用房地合一新制，所適用的稅率將高達35％。此外因父母是繼承取得此不動產，所以取得成本將以繼承時的公告現值做計算。在本例中，若繼承時的公告現值假設為1,000萬元，若出售的價值假設為4,500萬元，則在計算房地合一稅時，是以（4,500萬元–1,000萬元）X 35％，需繳納的房地合一稅將高達1,225萬元。若將出售不動產的價款扣除上述房地合一稅，再扣除當初購買不動產所付出的自備款（若假設為2,000萬元）及銀行貸款後，繼承人可能會發現出售該筆不動產反而是賠錢。
非自願性出售不動產稅負函釋
上述此種非自願性出售不動產的例子，對於納稅義務人來說可謂是極不公平。所幸對於此種情形有兩個解方。其一是財政部在年110年6月11日公告（台財稅字第11004575360號），對於此種「因繼承被繼承人所遺以該房屋、土地為擔保向金融機構抵押貸款之未償債務，因無足夠資力償還該未償債務之本金及利息，致出售該房屋、 土地者」，出售持有期間在5年以下的不動產，得適用20％稅率課稅。
其二，因被繼承人繼承所取得的不動產，其公告現值或評定現值僅有1,000萬元，而貸款卻有2,000萬元，所繼承取得的價值，以不動產公告現值或評定現值來看遠低於房貸金額，才導致在計算上述房地合一稅後，如扣除相關成本及貸款後，會變成買不動產賠錢的情況。而財政部109年7月所發布的解釋令（台財稅字第10904601200號），是上述案例的另一解方。個人繼承不動產時，併同繼承被繼承人所遺以該不動產擔保向金融機構抵押貸款，若該貸款超過繼承時房屋評定現值及公告土地現值部分，將來計算該不動產交易所得時，貸款餘額超過繼承時不動產評定現值及公告土地現值部分，且確由該個人實際負擔償還部分，得自房屋及土地交易所得中減除，也就是由繼承人負擔的貸款，就超過的不動產的公告現值及評定現值部分，可以作為成本費用，自交易所得中減除，以避免賣不動產還賠錢的情況發生。
不過，上述的財政部解釋令並非可適用在所有繼承取得不動產的案例中。若被繼承人的不動產在繼承時若已經清償貸款，繼承人繼承房子後又馬上賣，則將面臨35％或45％的房地合一稅。
房地合一新制下，留意不動產繼承稅負
目前的房地合一稅制是以105年做為新舊制的分水嶺，如果父母親的不動產登記是在105年以前取得，繼承發生後，繼承人再出售不動產，若該不動產於繼承前、後均自住用，可以在新舊制中擇優申報。若選擇舊制，因土地出售不課徵所得稅，僅有房屋需計算所得稅，若房屋價值佔整個不動產的比例不高，則發生高額稅負的機率不高，可免除房地合一稅的困擾。但如果父母是在105年以後取得，則繼承發生後，繼承人出售不動產，就必須受到新制房地合一稅的規範，課徵房地合一稅。
從上述案例說明，讀者應該可以發現，房地合一新制之下，未來若考慮由小孩繼承不動產，若小孩繼承取得後，非以自住為前提，則小孩繼承取得後若在短期內出售不動產，將面臨高額的房地合一稅。
