Na podstawie przepisów obowiązujących od 1 stycznia 2017 r. podatnik, który nie zaraportuje transakcji objętej odwrotnym obciążeniem (wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów, import usług, dostawa towarów, dla której podatnikiem jest nabywca) w terminie 3 miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów/usług powstał obowiązek podatkowy, nie ma prawa do uwzględnienia VAT naliczonego w tym samym miesiącu, w którym musi być wykazany podatek należny. Podatek naliczony może być uwzględniony „na bieżąco” tj. w momencie gdy dokonuje faktycznej korekty w zakresie podatku naliczonego. Zasada ta obowiązuje zarówno, gdy podatnik nie wykaże w ogóle danej transakcji w terminie, jak również w sytuacji, gdy wykaże ją, ale w niewłaściwym okresie.
W praktyce ujęcie wspomnianych transakcji we właściwym okresie i w odpowiednim przedziale czasowym jest często dużym wyzwaniem. Opóźnienia w raportowaniu wynikają nieraz z przyczyn niezależnych od podatnika. Spóźnione zaraportowanie transakcji objętej odwrotnym obciążeniem może wiązać się z powstaniem zaległości podatkowej (VAT należny wykazywany jest poprzez wsteczną korektę deklaracji, a VAT naliczony ujmowany w bieżącym okresie), co skutkuje obowiązkiem zapłaty odsetek.
Wskazane przepisy były przedmiotem licznych sporów w sądach administracyjnych, które nie doprowadziły do wypracowania jednolitej linii orzeczniczej. W związku z pytaniem prejudycjalnym skierowanym przez WSA w Gliwicach Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej ocenił zgodność omawianych przepisów z ustawodawstwem Unii Europejskiej. W wydanym dzisiaj (18 marca 2021 r.) wyroku Trybunał uznał, że przepisy unijne stoją na przeszkodzie stosowaniu omawianych przepisów krajowych. W uzasadnieniu Trybunał podkreślił, że uregulowanie krajowe, które zakazuje w sposób systematyczny wykonywania prawa do odliczenia VAT związanego z nabyciem wewnątrzwspólnotowym w tym samym okresie, w którym ta sama kwota VAT powinna zostać rozliczona, nie przewidując uwzględnienia wszystkich istotnych okoliczności, a w szczególności dobrej wiary podatnika, wykracza poza to, co jest konieczne, po pierwsze, do zapewnienia prawidłowego poboru VAT, w sytuacji gdy żadna kwota VAT nie jest należna na rzecz organu podatkowego, a po drugie – do zapobiegania oszustwom podatkowym.
Pomimo że pytanie prejudycjalne dotyczyło przepisów o wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów, zdaniem autorów, którzy również reprezentowali podatnika przez Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej w tej sprawie, wyrok ma zastosowanie do wszystkich transakcji objętych odwrotnym obciążeniem z uwagi na identyczne sformułowanie przepisów krajowych w zakresie poszczególnych transakcji tego typu oraz uniwersalną argumentację Trybunału.
Warto również zauważyć, że polski ustawodawca uprzedzając wyrok zaplanował usunięcie wątpliwych przepisów w odniesieniu do importu usług (jest to jedno z założeń pakietu Slim VAT 2). Należy się spodziewać, że w ostatecznej wersji pakietu nastąpi również usunięcie przepisów dotyczących WNT.
Niezależnie od działań ustawodawcy podatnicy mają prawo zaprzestać od razu stosowania przepisów zakwestionowanych przez Trybunał, jak również mogą skorygować swoje przeszłe rozliczenia doprowadzając do pełnej neutralności rozliczeń transakcji objętych odwrotnym obciążeniem i odzyskać nienależnie zapłacone odsetki.
