未來具有潛力或營運績效良好的新創公司，除對外募資，甚至於尋求上市櫃之機會，以持續創新、謀求更高的獲利及擴大營運規模外，在公司成長的過程中，不免會碰到其他公司提出併購的意願及條件，而使「被併購」出現在新創公司的發展藍圖之中。
KPMG安侯建業聯合會計師事務所稅務投資部會計師丁英泰觀察，在COVID-19疫情爆發這兩年，國內公司被其他國內上市櫃公司或外國公司併購的案件其實不減反增，可見新創公司確實有很多被併購的機會。新創公司的經營團隊在投注心力推展業務、研發創新之際，如果也能對併購的議題有基本的了解，或許可以為公司帶來更好的發展契機，也使公司股東能有額外的獲利出場選項。丁英泰提醒，新創公司進行是否同意併購的評估時，除須衡量併購條件是否合理且符合公司及股東的最大利益外，也應考慮到公司股東於併購案進行時會發生的稅負成本，且應注意股東身份不同時（法人或自然人，境內居住者或境外居住者），其稅負效果也不盡相同。
丁英泰舉例，新創公司如果有依公司法的規定發行股票，則在被他人併購時，倘由個人股東將公司股票移轉給併購公司以取得對價，因所得稅法規定證券交易所得停止課徵所得稅，該股票移轉發生的利得可免課所得稅，但仍需按成交價格繳納千分之三的證券交易稅。不過，如果上述交易符合企業併購法所規定之免稅條件，證券交易稅亦得免除。儘管如此，依2021年1月27日修正公布的所得基本稅額條例第12條的規定，個人股東交易未上市櫃公司股票之利得，應計入個人基本所得額計算並繳納基本所得稅額，除非公司屬於經主管機關核定之國內高風險新創事業公司，且交易時公司設立未滿5年，才有機會不計入個人基本所得額課稅。
除此之外，今（2022）年5月底經立法院三讀通過的企業併購法修正案，業已於2022年6月15日公布，其內容特別為促進新創公司之併購，減輕稅負成本對於個人股東併購意願的影響，而規定符合一定條件之新創公司進行合併或分割時，其個人股東取得股份對價而發生之股利所得，可選擇全數延緩至取得股份次年度之第三年起，分三年平均課稅。上述條文立法通過並施行後，應可使併購成為更具可行性的選項。
丁英泰建議，新創公司被併購時，在談判初期就可積極尋求專業人士的協助，同步針對股東的稅負成本進行試算，同時將各種租稅減免措施納入考慮，因為併購相關的稅負效果對於併購條件的形成以及併購流程、時程的規劃，都可能產生重大影響，甚至影響交易的成敗，萬萬不可輕忽。
