企業雇主給付給員工的薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利及各種補助費，為員工之薪資收入；但為「雇主之目的」，執行職務而支領之差旅費、日支費及加班費不超過規定標準者，及依所得稅法第4條規定免稅之項目，不是員工的薪資收入。而依財政部之前發布之解釋及新聞說明，營利事業如果依照職業安全衛生法令規定，必須對在職勞工施行健康檢查所負擔之費用，可依營利事業所得稅查核準則第81條第5款及第8款規定，核實認列職工福利費用，不視為員工之薪資所得；但是，如果企業補助員工一般性定期健康檢查費用或是職業安全衛生法規定以外，另外增加健康檢查次數及項目負擔，就會被認定是企業對員工之補助費，應依法應併計員工薪資所得扣繳所得稅。
KPMG安侯建業稅務投資部執業會計師會計師游雅絜進一步說明，現行稅務法令規定企業對於在職員工之健康檢查補貼，原則上應列為員工之薪資收入，但是，如果是依照職業安全衛生法應施行之健康檢查，則為例外規定，包含「一般健康檢查」、「從事特別危害健康作業者之特殊健康檢查」及「經中央主管機關指定為特定對象及特定項目之健康檢查」等三個項目，在規定範圍內的企業支出，不會視為員工之薪資所得，不必對員工辦理扣繳。我國於2020年1月15日起公告「嚴重特殊傳染性肺炎」（COVID-19）為第五類法定傳染病，企業因為辦公場所內有員工確診，而強制要求同一辦公處所之員工進行快篩，員工可再檢具憑證核銷所支付之快篩費用，如被認定為上列職業安全衛生法規定之範圍，企業可核實認列為職工福利費用，不視為員工之薪資所得；反之，如果企業鼓勵員工自行篩檢，為上列職業安全衛生法規定以外之範圍，依現行規定，會被認定為企業對員工之補貼，須列入員工之薪資所得。
