自民國（以下同）106年度起，在台灣無固定營業場所或營業代理人之外國營利事業跨境銷售電子勞務予境內買受人（即「跨境電商」）者，其取得之報酬如屬我國來源所得，即應以收入減除相關成本費用後之餘額，依「境內利潤貢獻程度」計算而得之所得額，按20％之稅率課徵營利事業所得稅（下稱「營所稅」）。

KPMG安侯建業稅務投資部執行副總經理陳慧玲表示，隨著跨境電商營所稅制度邁入第二個申報年度，應可預期稽徵機關將增加其對於跨境電商營所稅申報案件之查核力度。茲就跨境電商申報營所稅時應注意之事項，扼要說明如下：

跨境電商銷售予境內買受人之電子勞務，屬於財政部107年5月11日台財稅字第10700522870號令發布之「外國營利事業跨境銷售電子勞務課徵所得稅作業要點」（下稱「跨境電商營所稅作業要點」）第3點第1項所稱之「我國來源收入」者，即應依該作業要點之規定課徵營所稅。又同點第2項明定，外國營利事業以網路或其他電子方式提供專利權、商標權、著作權、秘密方法及各種特許權利供他人在我國境內使用者，非屬銷售電子勞務之範疇，其取得之報酬應屬「權利金」。

基於上述規定，稽徵機關在查核時，除會透過與營業稅勾稽之方式，檢視跨境電商有無短漏報我國來源收入外，尚會特別要求營利事業說明其有無授予勞務買受人「使用特定權利」，並詳細檢視相關合約中是否存在權利使用之授權條款，以認定外國營利事業自我國境內取得之報酬究竟屬於「銷售電子勞務之營業利潤」或「權利金」。倘若外國營利事業取得之報酬有部分或全部經稽徵機關認定為權利金，該報酬即無跨境電商營所稅作業要點之適用，不得按淨利率及境內利潤貢獻程度計算所得額，而應依所得稅法關於權利金之規定課稅。

依據跨境電商營所稅作業要點第4點第1項之規定，跨境電商之成本費用應按下列方法認定之：

方法一：
跨境電商可提示帳簿、文據供核者，其成本費用可核實減除。

方法二：
跨境電商無法提示帳簿、文據，但可提示合約、主要營業項目、我國境內外交易流程說明及足資證明文件，供稽徵機關核定主要營業項目者，按主要營業項目適用之同業利潤標準計算所得額（平臺商之淨利率為30％）。

方法三：
無法依上述方法認定者，由稽徵機關核定按淨利率30％計算所得額。

方法四：
稽徵機關查得之實際淨利率高於方法二、三者，按查得資料核定。

在上述方法中，目前跨境電商多會選擇提示相關合約、營業內容及境內外交易流程說明、主要營業項目證明文件等資料，向稽徵機關申請按同業利潤標準或依核定之淨利率30％計算所得額課稅。

陳慧玲提醒，值得注意者為，就合約部分，稽徵機關通常會要求跨境電商提供中文合約或檢附合約中譯本；針對境內外交易流程說明部分，稽徵機關則傾向跨境電商以圖示方式表達，並於圖示內敘明交易當事人、金流以及服務流。此外，稽徵機關尚可能要求跨境電商提示交易相關之憑證樣本，包含訂購單、商業收據或統一發票以及收付款證明等等。

跨境電商營所稅作業要點第4點第2項規定，跨境電商應以其我國來源收入減除成本費用後之餘額，乘以按下列方式劃分之境內利潤貢獻程度計算所得額課稅：

方式一：
跨境電商可提示明確劃分境內外交易流程對於其總利潤之貢獻程度的證明文件（包含移轉訂價分析、工作計畫紀錄或報告等）者，其境內利潤貢獻程度應核實認定。

方式二：
全部交易流程或勞務提供地與使用地均在我國境內（例如：境內網路廣告服務）者，境內利潤貢獻程度為100％。

方式三：
非屬上揭情形者，境內利潤貢獻程度為50％。但稽徵機關查得實際境內利潤貢獻程度高於50％者，按查得資料核定。

針對境內外利潤貢獻程度之劃分，考量核實認定境內外利潤貢獻程度並非易事，跨境電商一般會選擇申請依方法三適用50％境內利潤貢獻程度計算所得額。於此情形，稽徵機關會從相關合約、營業內容、境內外交易流程說明等資料中，判斷跨境電商是否有交易流程全部或大部份（超過50％）在境內，或是勞務提供地與使用地均在我國境內之情事。

陳慧玲最後提到，由於目前跨境電商大多選擇申請按同業利潤標準或核定之30％淨利率，以及50％之境內利潤貢獻程度計算所得額課稅，故稽徵實務目前之查核重點，除在於跨境電商有無短漏報我國來源收入，或者將權利金列報為銷售電子勞務之營業利潤外，還會依據跨境電商營所稅作業要點之規定，要求跨境電商提示相關合約（中文合約或檢附中譯文）、營業內容、境內外交易流程說明（以流程圖載明交易當事人、金流與服務流）、主要營業項目證明文件等資料供核。為因應稽徵機關之查核，建議跨境電商預先備妥相關證明文件，以免查核過程因資料往返、補正而曠日廢時，甚至因而受到不利之核定。