Kluczową zmianą w stosunku do poprzednich naborów jest wprowadzenie dwuetapowego procesu oceny wniosków o dofinansowanie. Dotychczas ocena była jednoetapowa i obejmowała następujące grupy kryteriów:
- kryteria obligatoryjne wspólne dla projektu (TAK/NIE),
- kryteria rankingujące dla projektu (punktowane),
- kryteria obligatoryjne dla poszczególnych modułów (TAK/NIE),
- kryteria rozstrzygające.
Spełnienie kryteriów obligatoryjnych warunkuje umieszczenie wniosku na liście projektów rekomendowanych do objęcia dofinansowaniem, z kolei liczba zdobytych punktów w kryteriach rankingujących (i pomocniczo rozstrzygających) służy do określenia miejsca na liście rankingowej.
Zgodnie z komunikatem Komitetu Monitorującego FENG z dnia 23 kwietnia 2024 r. proces oceny został podzielony na dwa etapy. Zgodnie z zapowiedziami Komitetu Monitorującego FENG jest to odpowiedź na jeden z istotniejszych problemów występujących przy dotychczasowych naborach, a więc czas oceny wniosków znacznie przekraczający terminy pierwotnie określone w regulaminie.
Aktualizacja ma na celu optymalizację pracy ekspertów oceniających wnioski poprzez wstępną selekcję projektów, które nie spełniają kluczowych kryteriów, już na pierwszym etapie. Dzięki temu założeniu do pełnej oceny w etapie II mają trafić tylko wnioski o odpowiedniej jakości, co powinno pozytywnie wpłynąć na czas oceny.