所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業如符合一定條件，得將經稽徵機關核定之前10年內虧損自當年度純益額中扣除後再行課稅。由於該制度得適度反映企業跨年度經營成果，避免因年度所得波動而產生不合理之租稅負擔，並有助於維持企業租稅負擔之合理性及中立性，因此向來被視為營利事業重要之租稅優惠措施。
惟盈虧互抵並非當然適用，而須符合所得稅法所定之相關要件，包括會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，以及如期申報等條件。實務上，企業雖經常將注意力集中於虧損認定及帳冊憑證管理等實體要件，惟因申報程序瑕疵而喪失盈虧互抵資格之情形亦屢見不鮮。
尤其近年財政部對所得稅法第39條之適用已逐步採取較具彈性之態度。例如財政部113年發布台財稅字第11304553700號令即明定，營利事業如僅逾期繳納應自行繳納稅款，且尚未達加徵滯納金程度者，得視為「情節輕微」，仍保有適用盈虧互抵之資格。此一規定亦引發實務上進一步思考：若企業並非逾期繳稅，而係已如期完成網路申報及繳納稅款，僅因會計師查核簽證報告書逾期送交國稅局，是否亦得援引「情節輕微」概念而保留盈虧互抵資格？
從近年行政法院判決觀察，稽徵機關與行政法院對於此一問題仍採相對嚴格之見解。行政法院普遍認為，查核簽證報告書之提出並非單純申報附件，而係構成會計師查核簽證申報案件之重要程序要件；即使企業已完成會計師查核程序、如期辦理網路申報及繳納稅款，若未於規定期限內提出查核簽證報告書，仍可能被認定為普通申報案件，而喪失所得稅法第39條前10年虧損扣除之適用資格。
本文爰以所得稅法相關規定、財政部歷年函釋及近年行政法院判決為基礎，探討查核簽證報告書送交期限與盈虧互抵適用資格間之關係，並分析企業於辦理會計師查核簽證申報時應注意之相關風險。
