Podatnik, który prowadzi pozarolniczą działalność gospodarczą opodatkowaną skalą podatkową lub tzw. podatkiem liniowym, może odliczyć od podstawy opodatkowania część kosztów uzyskania przychodów poniesionych na działalność badawczo-rozwojową. Odliczenie kosztów jest możliwe m.in. z tytułu wydatków poniesionych na wynagrodzenia pracowników wykonujących działalność B+R, co budzi wątpliwości interpretacyjne dotyczące prawidłowego ich naliczania.
Koszty zatrudnienia a ulga B+R
Możliwość skorzystania z ulga badawczo-rozwojowej została wprowadzona po raz pierwszy w 2016 r. Wiele zagadnień dotyczących sposobu prawidłowego rozliczenia ulgi budziło wątpliwości. Jedna z najważniejszych kwestii spornych dotyczyła możliwości uwzględniania w kosztach kwalifikowanych wynagrodzeń i składek za czas urlopów i innych usprawiedliwionych nieobecności pracownika.
W okresie od 2016 do 2017 roku za koszty kwalifikowane zgodnie z ustawą uznawane były wynagrodzenia oraz składki z tytułu należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek, jeżeli te należności i składki dotyczyły pracowników zatrudnionych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej.
Nowelizacja przepisów w 2018 roku wprowadziła obowiązujące dotychczas brzmienie art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych), zgodnie z którym za koszty kwalifikowane uznawane są wynagrodzenia poniesione w danym miesiącu (oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności), w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu.
Kwalifikowalność wynagrodzeń za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy
Kwestia sporna w aktualnie obowiązującym stanie prawnym dotyczyła właściwej interpretacji pojęcia „ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu”. Zgodnie ze stanowiskiem Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wyrażanym w indywidualnych interpretacjach prawa podatkowego (por. np. interpretacja z dnia 27 lipca 2022 r. nr 0111-KDIB1-3.4010.296.2022.2.IM) pod tym pojęciem należy rozumieć wyłącznie czas faktycznie przepracowany, co w konsekwencji wykluczało możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi B+R kosztów związanych z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika (np. urlop).
Odmienne stanowisko w tej sprawie zajęły zarówno wojewódzkie sądy administracyjne, jak i Naczelny Sąd Administracyjny (por. np. wyrok NSA z dnia 14 grudnia 2022 r. sygn. II FSK 1204/20), wskazując w utrwalonej linii orzeczniczej, że czas usprawiedliwionej nieobecności pracownika jest bezpośrednio związany ze stosunkiem pracy, a tym samym wyłączenie go z kosztów kwalifikowanych ulgi B+R jest niezasadne.
W praktyce wielu podatników miało w tej sytuacji do wyboru przyjąć w procesie stosowania ulgi B+R stanowisko prezentowane przez organy skarbowe lub bronić korzystniejszej wykładni w postępowaniu sądowoadministracyjnym.
Stanowisko Ministerstwa Finansów - Interpretacja ogólna z 13 lutego 2024 r.
W opublikowanej Interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. (sygn. DD8.8203.1.2021, Dz. Urz. MF z 21 lutego 2024 r. poz. 16) Minister Finansów podzielił stanowisko sądów administracyjnych, zaznaczając, że celem przepisu obligującego podatnika do określenia czasu poświęcanego przez pracownika na prace B+R jest wyłącznie rozróżnienie przedmiotu zadań wykonywanych przez pracownika.
Minister wskazał, że „ogólny czas pracy” należy rozpatrywać według przepisów Kodeksu pracy, który określa, że czasem pracy jest czas, w którym pracownik pozostaje w dyspozycji pracodawcy. Tym samym zarówno czas urlopu, jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane z wypłatą wynagrodzenia i z odprowadzaniem składek z tytułu zatrudnienia.
Nie ma zatem podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi B+R poniesionych w danym miesiącu należności ze stosunku pracy oraz sfinansowanych przez płatnika składek ZUS, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności B+R pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu - w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów.
Podsumowanie
Stanowisko wyrażone w opublikowanej interpretacji ogólnej przesądza, sporną do tej pory kwestię, na korzyść podatników, potwierdzając, że do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należą poniesione w danym miesiącu przychody pracownika związane ze stosunkiem pracy (oraz składki z tego tytułu, w tym te dotyczące urlopu oraz choroby), w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu.
Co istotne, mimo że wspomniana interpretacja dotyczy ulgi B+R, to, co do zasady, przedstawiona w niej wykładnia pojęcia „ogólnego czasu pracy” powinna przełożyć się także na stosowanie ulgi na innowacyjnych pracowników w zakresie spełnienia warunku co najmniej 50% czasu pracy przeznaczonego przez pracownika na realizację (wykonanie usługi w zakresie) działalności B+R pozostającego w ogólnym czasie pracy w danym miesiącu. Zastosowanie tego podejścia w praktyce będzie zależało od tego, czy Dyrektor KIS uwzględni w wydawanych interpretacjach stanowisko przedstawione przez Ministra Finansów.
Pełna treść interpretacji ogólnej jest dostępna na stronie Ministerstwa Finansów: Interpretacja Ogólna Nr DD8.8203.1.2021 Ministra Finansów z dnia 13 lutego 2024 r. w sprawie możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika - Ministerstwo Finansów - Portal Gov.pl (www.gov.pl)
