Mikilvægt er að huga að skattlagningu þegar nýjum atvinnurekstri er komið á fót. Að afla ráðgjafar um þessi málefni frá byrjun getur komið í veg fyrir dýr mistök og að óvæntar skattskuldbindingar líti dagsins ljós.

Skattaskipulagning

Í upphafi skal endinn skoða. Það getur reynst dýrmætt að skipuleggja verkefni fram í tímann en þannig auka fyrirtæki líkurnar á að komið sé í veg fyrir óvæntar og of háar skattgreiðslur á síðari stigum. Þannig þarf að huga jafnt að aðkomu fjárfesta og útgöngu þeirra. Þá þar sérstaklega að huga að:

• Aðkomu stofnenda, lykilmanna og fjárfesta í upphafi starfseminnar áður en virði hefur myndast í félaginu.
• Starfskjarastefnu stjórnenda og lykilstarfsmanna.
• Því endurgjaldi sem stofnendur, fjárfestar og aðrir hafa hugsað sér að fá fyrir sitt framlag til rekstrarins.
• Kaupréttum starfsmanna. Í tekjuskattslögum er að finna sérstakar reglur um skattlagningu vegna nýtingar starfsmanna á kauprétti.
• Ef starfsemi mun að einhverju leyti fara fram erlendis og tekna aflað þaðan, er ráðlegt að huga vel að skattumhverfi þess ríkis er stofna á félag í. Auk þessa skal skoða þá tvísköttunarsamninga sem ríkið hefur gert við önnur ríki.
• Ef tekjur af starfsemi eiga rætur sínar að rekja til erlendra ríkja þarf að huga að mögulegum afdráttarsköttum í þessum ríkjum og hvort endurgreiðsla þeirra sé möguleg.
• Skoða mögulegar skattaívilnanir ef um þær er að ræða.

Félagsform og skatthlutfall

Það getur skipt máli að velja í byrjun það félagsform sem er hagstæðast fyrir starfsemina, samsetningu eigenda og fjárfesta. Skattlagning rekstrar má segja að sé þrenns konar,

1) ef um er að ræða eigin starfsemi á kennitölu manns er hagnaður skattlagður sem laun, 2) ef um er að ræða félag með ótakmarkaða ábyrgð a.m.k. eins eigenda, svo sem sameignar- félag eða samlagsfélag er hagnaðurinn skattlagður í 37,6% skatti og 3) ef um er að ræða félag með takmarkaða ábyrgð allra félagsmanna þ.e. hluta- eða einkahlutafélag er lagður 20% skattur á hagnað félagsins og 22% skattur af úthlutuðum arði til eigenda eða samtals 37,6%.

Hafa þarf í huga:

• Almennt má segja að það sé skattalega hagstæðara að stofna félag með takmarkaðri ábyrgð ef ætlunin er að byggja upp eigið fé í rekstrinum með innri vexti. Með vísan til ofangreinds má segja að slík félög fái „frest“ á helmingi heildarskattsins, þ.e. seinni skattgreiðslan fellur ekki til fyrr en við úthlutun arðs til eigenda.
• Ef ekki er stefnt að vexti með uppbyggingu eiginfjár heldur fyrirhugað að taka hagnaðinn út sem arð á hverju ári gæti verið ráðlegt að stofna félag með ótakmarkaðri ábyrgð a.m.k. eins eigenda. Þá er greiddur 37,6% skattur af hagnaðinum og úttektir eigenda úr rekstrinum 
• þörf á sérstakri úthlutun arðs, sem í hlutafélögum og einkahlutafélög- um getur fyrst átt sér stað þegar ársreikningur síðasta reikningsárs liggur fyrir, heldur er úttekt úr rekstri frjáls og án skattlagningar.
• Algengt er að sprotafyrirtæki skili tapi fyrstu ár sín í rekstri. Skatta- legt tap sem þannig myndast er hægt að nýta til lækkunar skatt- skyldra tekna næstu 10 ár frá því tap varð til. Ströng skilyrði eru þó sett fyrir nýtingu tapsins s.s. að telja þurfi tap hvers árs og eftir- stöðvar þess fram í skattframtali auk þess sem tapið getur fallið niður ef veruleg breyting verður á eignarhaldi eða starfsemi félags. Mikilvægt er því að telja rétt fram þannig að þessi skatteign tapist ekki.
• Fjármögnun rekstrar getur verið í formi eiginfjárframlags eða láns- fjár. Arður af eiginfé er ekki frá- dráttarbær kostnaður hjá félaginu en vextir eru það almennt. Vextir af láni einstaklings til rekstrar síns telst hins vegar ekki frádráttarbær rekstrarkostnaður.

Hvatar og ívilnanir

• Lögaðilar geta sótt um skattafrádrátt vegna kostnaðar við nýsköpunarverkefni.
• Skilyrði fyrir skattafrádrættinum er 1) að Rannís samþykki að verkefnið falli undir skilgreiningu á rannsóknar eða þróunarverkefni, 2) að hugmyndin og viðskiptaáætlunin sé vel skilgreind, 3) að varið verði a.m.k. 1 m. kr. til verkefnisins á 12 mánaða tímabili og 4) að starfsmenn hafi þjálfun, menntun eða reynslu á því sviði sem hugmyndin byggist á.
• Félög sem fengið hafa verkefni samþykkt eiga rétt á frádrætti frá álögðum tekjuskatti sem nemur 20% af útlögðum rekstrarkostnaði.Hámark kostnaðar til útreiknings á frádrætti nemur 600 eða 900 m. kr. Frádrátturinn getur því hæst numið 120 - 180 m. kr. lækkun á tekjuskattstofni en ef álagður tekjuskattur er lægri en ákvarðaður skattafrádráttur er mismunurinn greiddur út.

Staðgreiðsla og launatengd gjöld

• Ef félög ráða til sín starfsmenn ber að halda eftir staðgreiðsluskatti og iðgjaldi í lífeyrissjóð af launum starfsmanna og skila til ríkissjóðs og lífeyrissjóða á réttum tíma. Þessu til viðbótar ber launagreiðanda að greiða tryggingagjald og mótframlag í lífeyrissjóð.
• Það getur verið dýrkeypt og haft alvarlegar afleiðingar fyrir stjórnendur að sinna ekki þessari skyldu sinni. Ef vörslusköttum er ekki skilað á réttum tíma getur það leitt til sekta og jafnvel fangelsisvistar.

Virðisaukaskattur

• Um leið og fyrirséð er að sala á virðisauka-skattskyldri vöru eða þjónustu fari yfir 2 m. kr. á ári ber að tilkynna það ríkisskattstjóra og skrá reksturinn á grunnskrá virðisaukaskatts. Frá og með þeim tíma ber að leggja á og innheimta virðisaukaskatt í starfseminni. Virðisaukaskattinum ber að lokum að skila í ríkissjóð á tilskyldum tíma. Séu vanhöld þar á getur það haft alvarlegar afleiðingar fyrir stjórnendur.
• Reglur um virðisaukaskatt geta reynst flóknar og óljósar og er því mikilvægt að leita ráðgjafar ef einhverjar spurningar vakna.