自2026年1月1日起生效的修正案，對研發費用稅務扣除（Research and development allowances, R&D allowances）引入多項重大變更，主要涉及研發費用稅務扣除的計算方法以及申請期限的調整。然而，用於支持研發費用稅務扣除的相關要求，例如需以獨立記錄證明工資成本的規定，則維持不變。
最重大的變更是研發費用稅務扣除比例，自2026年1月起，將從原本的100%提高至150%，惟須特別留意，該項優惠仍設有最高5,000萬捷克克朗的上限，且此上限不僅適用於單一公司的研發支出，亦適用於同一扣除群組內所有納稅義務人的合計支出（例如控股公司及其單獨或與其他實體共同控制的公司）。
同時，申請研發費用稅務扣除的期限已從三年延長至五年。隨著這項延長，原本僅能因稅基不足或發生虧損而延後申請的限制已被取消。
此次修正案為企業支持本體創新活動開啟了新的機會。研發費用稅務扣除扣除比例提高以及申請期限延長，代表企業有一個極具吸引力的機會，能獲得顯著的財務優勢並強化市場競爭力。然而，企業若要真正把握這項機會，必須持續且透明地記錄所有研發專案的費用支出與投入時間。捷克最高行政法院（Supreme Administrative Court, SAC）的判例明確指出，成功享有稅務優惠的前提，不僅在於符合法律要求，更在於妥善保存費用支出紀錄。
在近期的一項裁決（案號3 Afs 122/2025-73）中，一家公司將員工在研發專案上的工資成本，依據管理層決定的百分比分配，而非基於客觀衡量數據。該公司未保存正式的出勤紀錄或工作報告，且未採用其他工作申報系統。
捷克最高行政法院（SAC）指出，將員工在專案上的工作量以百分比表示本身並非錯誤，但不能僅是估算。同時，法院確認《所得稅法》並未強制要求針對研發費用稅務扣除保存員工個別的工作報告。然而，這些報告對納稅人而言至關重要，因為能證明員工實際投入專案的時間。
因此，僅僅匯總工資成本或以百分比表示員工參與比例，若未能證明這些數據的計算方式及其真實性，則不足以履行責任。法院最終裁定，該公司未能履行舉證責任，故無權享有研發費用稅務扣除。
這項裁決提供了若干重要見解，任何申請此稅務優惠的企業都不應忽視。當申請研發費用稅務扣除時，必須保存詳細且可驗證的獨立支出紀錄，並定期檢查與記錄員工實際投入專案的時間。同時，保留能夠在事後驗證資料準確性的支持文件也至關重要。
透過運用新的法律規定並建立一致的內部流程，企業不僅能降低稅務爭議風險，還能最大化利用修正案所帶來的利益。妥善的紀錄保存因此成為新稅制下成功的關鍵，也是提前準備企業的競爭優勢。
KPMG 觀察
捷克自2026年起對研發費用稅務扣除進行重大調整，將可扣除基礎支出100%提升至150%，並設定集團層級上限為5,000萬捷克克朗。同時，申請期限自三年延長至五年、且不再限於「稅基不足或虧損」才得以遞延。此舉本質上拉高並延長研發投資的稅務槓桿，也將企業的符合規定門檻與舉證責任推到前台。
建議赴捷克投資之台商企業，若在捷克有相關研發活動，應將可衡量、可追溯的研發管理規定與新稅制相結合，例如：企業若要真正將150%扣除轉化為有效稅率下降與現金流改善，必須將工時與成本的獨立、可驗證紀錄做成常態化流程（含薪資分攤方法、時數佐證、與技術內容的可審核敘述），以避免在費用歸屬與證據充足性上失分。
