Hlynur sat í stjórn KPMG ehf. frá árinu 2016-2021 og var stjórnarformaður síðasta árið. Hann hefur setið í stjórn FLE frá árinu 2019.
Hlynur var ábyrgur fyrir áhættu- og óhæðismálum hjá KPMG á Íslandi (e. Risk Management og Ethics & Independence Partner) á árunum 2006 – 2013. Á árunum 2003 – 2006 veitti Hlynur starfsemi KPMG á Austurlandi forstöðu, með aðsetur á Egilsstöðum.
Hlynur hefur komið að endurskoðun og reikningsskilum félaga á sviði fasteigna, framleiðslu, fjarskipta, hugbúnaðar og nýsköpunar, þ.á m. félaga skráðum í Kauphöll Íslands. Hefur um árabil sinnt þjónustu við sveitarfélög, veitufyrirtæki og aðra opinbera aðila og komið að stefnumótun KPMG á þeirri þjónustu.
Undanfarin ár hefur hann leitt og mótað þjónustu KPMG á Íslandi við sprota- og vaxtarfyrirtæki.