Osakeyhtiölain ja verolain säännösten vain osittainen kohtaanto näyttäytyy erityisen ongelmallisena yritysjärjestelysäännöksissä. Aikojen saatossa kovalla työllä valmistellut osakeyhtiölain mahdollistamat sulautumis-, jakautumis-, kotipaikan siirtoa ja yhteisömuodon muutosta koskevat säännökset ovat vain rajoitetusti käyttökelpoisia, koska niihin liittyy vain osittain veroneutraalius.
Veroneutraalius on yritysjärjestelyissä tärkeää siltä osin kuin rahaa ei liiku osapuolina oleville yhtiöille ja osakkeenomistajille. Veronmaksukyky näissä muutoksissa ei parane eikä kasva. Toisin sanoen ei ole uutta kassavirtaa, jolla rahoittaa verojen maksu. Verokohtelu on myös eri verosäännösten osalta osin ristiriitaista. Tarkasteluun tulee usein samanaikaisesti tuloverotus ja sen omana kokonaisuutenaan tappioiden siirtyminen, varainsiirtoverotus, arvonlisäverotus sekä monesti myös perintö- ja lahjaverotus.
Mm. seuraavat yritysjärjestelymuodot eivät ole veroneutraaleja nykykäytännössä:
- jakautumisvastikkeeton sisaryhtiöjakautuminen,
- jakautumisvastikkeeton osittaisjakautuminen jakautuvan yhtiön 100 %:sesti omistavaan emoyhtiöön,
- sulautumisvastikkeellinen kolmikantasulautuminen,
- yhteisömuodon muutokset osakeyhtiöstä osuuskunnaksi, avoimeksi yhtiöksi, kommandiittiyhtiöksi tai yksityiseksi elinkeinonharjoittajaksi,
- 100 %:sesti omistetun tytärosakeyhtiön sulautuminen eri yhteisömuotoa olevaan omistajaan lukuun ottamatta emo-osuuskuntaa ja emosäätiötä,
- yritysjärjestelyksi usein mielletty yhtiön purkaminen
Lisäksi osakevastikkeen yhtiökohtaisesti epäsymmetrinen kohdistuminen osakkaille tai muun kuin osakevastikkeen osittainen käyttö yritysjärjestelyssä saattaa estää koko yritysjärjestelyn veroneutraaliuden.
Nämä ovat merkittävä ongelma, koska yritysjärjestelyllä pyritään parantamaan yritysjärjestelyn jälkeisen yritysrakenteen ja yrityskokonaisuuden kilpailukykyä, kasvu- ja rahoitusedellytyksiä sekä riskinottokykyä. Riittävää ja johdonmukaista voisi olla torjua osakkeenomistajan saaman vastikkeen veroneutraalius siltä osin kuin osakkeenomistaja saa muun kuin osakevastikkeen.
Yllä luetelluista yritysjärjestelymalleista em. jakautumisten veroneutraalius voitaneen palauttaa päivitetyin verotus- ja oikeuskäytännöin.