Zgodnie z art. 17 ust. 1 Ustawy o CIT, zwolnieniu od podatku CIT podlegają m.in. dofinansowania otrzymane z budżetu państwa oraz ze środków unijnych. Przy tym, wydatki i koszty bezpośrednio finansowane z takich dochodów nie podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów (art. 16 ust. 1 pkt 58 Ustawy o CIT).
Jednakże, w praktyce zdarza się, że przedsiębiorcy otrzymują dofinansowanie ze znacznym opóźnieniem w stosunku do daty poniesienia wydatków, a niejednokrotnie nawet już po realizacji danego projektu badawczo-rozwojowego. W związku z tym, spotykaną praktyką jest rozliczenie wydatków poniesionych na działalność badawczo-rozwojową jako kosztów uzyskania przychodów, zgodnie z zasadami ogólnymi. W tym kontekście należy podkreślić, że dopóki podatnikowi nie zostało przekazane dofinansowanie, dopóty odliczenie kosztów uzyskania przychodów jest uważane za dopuszczalne (zob. Uchwała NSA w składzie 7 sędziów z 14 grudnia 2015 r., sygn. akt II FPS 4/15).