(i) Thanh toán bằng chứng khoán không được coi là thanh toán không dùng tiền mặt
Theo Công văn số 2086/TCT-CS ngày 16/5/2024, trường hợp các cổ đông của công ty thực hiện thanh toán cho các nhà cung cấp của Công ty bằng chứng khoán của các cá nhân thông qua Công ty chứng khoán thì không được coi là hình thức thanh toán theo phương thức “cấn trừ công nợ” qua bên thứ ba theo quy định tại khoản 4 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC. Do đó, hình thức thanh toán này không được coi là thanh toán không dùng tiền mặt và không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
(ii) Dịch vụ vận tải và khai báo hải quan thực hiện ngoài khu vực chế xuất không được áp dụng 0% thuế GTGT
Theo Công văn 3814/TCT-CS ngày 28/8/2024, trường hợp doanh nghiệp cung cấp dịch vụ vận tải nội địa và dịch vụ khai báo hải quan cho doanh nghiệp chế xuất nhưng không đáp ứng điều kiện tiêu dùng trong khu phi thuế quan thì không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%.
(iii) Vận đơn quốc tế trong vận chuyển đường biển và đường hàng không được dùng thay thế hợp đồng vận tải trong một số trường hợp
Liên quan đến vướng mắc về việc sử dụng vận đơn quốc tế trong vận chuyển đường biển và đường hàng không thay thế cho hợp đồng vận chuyển hàng hóa quốc tế cho mục đích áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 0%, TCT đã ban hành công văn 3639/TCT-CS ngày 20/8/2024 dẫn chiếu ý kiến của Bộ Giao thông vận tải, theo đó:
• Đối với vận chuyển hàng hóa bằng đường biển theo phương thức thuê tàu chợ, vận đơn/vận đơn suốt đường biển dùng trong vận tải quốc tế là bằng chứng của hợp đồng vận chuyển hàng hóa bằng đường biển, phù hợp với quy định của thông tư về thuế GTGT để áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 0% đối với vận tải quốc tế và dịch vụ của ngành hàng hải;
• Đối với vận chuyển hàng hóa bằng đường hàng không:
− Vận đơn hàng không (Airways Bill/Master Airways Bill) là bằng chứng giao kết hợp đồng giữa người vận chuyển và người thuê vận chuyển, do đó được thay thế cho điều kiện "có hợp đồng vận chuyển hành khách, hành lý, hàng hóa giữa người vận chuyển và người thuê vận chuyển" để hưởng mức thuế suất thuế GTGT 0%.
− Vận đơn hàng không thứ cấp là bằng chứng giao kết hợp đồng giao nhận hàng hóa giữa doanh nghiệp giao nhận hàng hóa và người gửi hàng, không phải là một phần không thể tách rời của hợp đồng giữa người vận chuyển và người thuê vận chuyển.
(iv) Chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải tự nguyện chịu thuế GTGT 10%
Theo Công văn số 3390/TCT-CS ngày 1/8/2024, khoản thu từ hoạt động chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải tự nguyện (VER) không thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo quy định, do đó, thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 10%.