(i) Khu công nghiệp (“KCN”) không phải địa bàn khó khăn khi xác định ưu đãi đầu tư mở rộng
Theo Công văn số 2721/TCT-CS ngày 25/6/2024 của Tổng Cục Thuế (“TCT”), pháp luật về thuế TNDN phân biệt rõ ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư tại KCN và dự án đầu tư tại địa bàn, đồng thời Luật thuế TNDN hiện hành không quy định ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư tại khu công nghiệp, khu chế xuất theo mức áp dụng đối với dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn. Do đó, doanh nghiệp thực hiện đầu tư mở rộng tại KCN, khu chế xuất sẽ không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN như địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn.
(ii) Doanh nghiệp lựa chọn hưởng ưu đãi theo điều kiện sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ, thì các sản phẩm không đáp ứng điều kiện là sản phẩm công nghiệp hỗ trợ sẽ không được hưởng ưu đãi theo các điều kiện khác
Theo Công văn số 2326/TCT-CS ngày 3/6/2024 của TCT, trường hợp doanh nghiệp đáp ứng nhiều mức ưu đãi thuế TNDN khác nhau trong cùng một thời gian đối với cùng một khoản thu nhập thì được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi có lợi nhất.
Do vậy, trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế theo điều kiện dự án đầu tư mới tại KCN mà được cấp Giấy xác nhận ưu đãi sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ thì doanh nghiệp được lựa chọn chuyển sang hưởng ưu đãi theo điều kiện sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ đối với thu nhập phát sinh từ dự án này.
Tuy nhiên, thu nhập phát sinh từ các sản phẩm khác của dự án không phải là sản phẩm công nghiệp hỗ trợ sẽ không được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế theo điều kiện dự án đầu tư mới tại KCN.
(iii) Thu nhập từ chuyển nhượng chứng chỉ năng lượng tái tạo (REC) không được hưởng ưu đãi thuế TNDN
Theo Công văn số 2127/TCT-CS ngày 20/5/2024 của TCT, trường hợp doanh nghiệp có các dự án đầu tư nhà máy thủy điện với mục tiêu xây dựng nhà máy thủy điện, sản xuất điện, đang hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện địa bàn và có phát sinh thu nhập từ chuyển nhượng chứng chỉ REC không thuộc thu nhập của dự án đầu tư, thì khoản thu nhập này không được hưởng ưu đãi thuế TNDN với dự án đầu tư.
(iv) Không có quy định về chính sách thuế đối với việc bù trừ, chuyển lỗ giữa các dự án độc lập
Theo công văn số 1792/TCT-CS ngày 2/5/2024 của TCT, văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về thuế TNDN chưa có quy định về chính sách thuế đối với việc bù trừ, chuyển lỗ giữa các dự án đầu tư độc lập đang được thực hiện đồng thời bởi cùng một doanh nghiệp. Ngày 9/5/2024, Cục Quản lý, Giám sát chính sách thuế, phí và lệ phí thuộc Bộ Tài Chính ban hành Công văn số 867/CST-TN cũng xác nhận không có quy định về bù trừ lãi lỗ giữa các dự án bị lỗ với các dự án được hưởng ưu đãi có thu nhập.
(v) Thuế GTGT phải trả cho nhà cung cấp nước ngoài (“NCCNN”) trực tiếp kê khai thuế tại Việt Nam được tính chi phí hợp lệ
Theo công văn số 3115/TCT-CS ngày 19/7/2024 của TCT, trường hợp NCCNN đã thực hiện đăng ký, kê khai và nộp thuế tại Việt Nam theo quy định tại Thông tư số 80/2021/TT-BTC thì NCCNN phải trực tiếp khai nộp thuế trên Cổng thông tin điện tử của TCT.
Doanh nghiệp Việt Nam được tính chi phí hợp lệ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với chi phí trả cho NCCNN, bao gồm cả khoản tiền đã trả mà NCCNN xác định là thuế GTGT được thể hiện trên hóa đơn, chứng từ của NCCNN xuất cho doanh nghiệp Việt Nam.