營利事業於營運布局上，常有轉投資國內外事業情形，而在營業稅課徵上成為兼營營業人，此等事業取得的股利收入，應留意在辦理年度最後一期營業稅申報時，需要計算不得扣抵進項稅額及購買國外勞務應納稅額及調整稅額。
KPMG安侯建業稅務投資部執業會計師陳志愷表示，雖然股利收入不是營業稅課稅範圍，但需要在年度最後一期營業稅申報為免稅銷售額，計算調整稅額，計算方式有二種，其中「比例扣抵法」為全部進項所含稅額均按照免稅銷售額所占比例計算；另一種「直接扣抵法」，則先區分專供應稅及免稅業務用與共同使用後，按照共同使用部分稅額乘上前述比例，加上專供免稅業務用稅額計算，而具有可直接歸屬應稅業務進項，不用列入調整稅額計算的好處。
由於股利收入一般金額較大，可直接歸屬進項較少，如採用比例扣抵法計算調整稅額，將使為數較多的可直接歸屬應稅業務進項，也需要按照股利收入所占比例計算調整稅額，除增加營業稅負擔外，亦扭曲所算稅額的合理性。因此針對取有股利收入的兼營投資業，採用直接扣抵法一般為較理想的稅額計算方式，其在符合一定條件下並須經會計師查核簽證。
實務上曾發生營利事業在辦理年度最後一期營業稅申報時，已採用比例扣抵法計算股利收入調整稅額，而在申報屆滿6個月案件核定後，經查獲短漏報國外股利收入，才主張改採直接扣抵法，遭到稽徵機關以所選擇方法已核課確定的理由否准，仍依原採用之比例扣抵法計算應補稅額及罰鍰，且提起行政訴訟最後為判決敗訴。
陳志愷提醒，兼營投資業除應注意取得的國內外股利收入，都需要列入年度最後一期營業稅申報外，並應留意採用的稅額計算方式；如已採用比例扣抵法申報，則可評估是否應於核定前改採直接扣抵法計算調整稅額，一方面合法節省租稅負擔，並能避免嗣後經查獲短漏報或自動補報繳時，無法改採直接扣抵法，而增加稅捐繳納義務的情事發生。
