公司每年在報稅月份申報完營利事業所得稅後，國稅局將會透過內部選案程序選定特定公司之申報案件，並將該等被選案件派案後隨即開展查核程序。此時，被選定之公司將會接到國稅局稅務員之主動聯繫（可能以公文、電話、傳真或電子郵件之形式），要求針對稅報中特定申報項目提出工作底稿、補充說明或相關佐證資料。KPMG安侯建業稅務投資部執行副總謝昌君提醒，企業接獲通知時切莫驚慌，應冷靜評估潛在之稅務風險、分析利弊並採取相對應之應對措施，盡可能以最有效率的方式圓滿解決此等稅務查核事件。
首先，若稅局所詢事項尚非具體明確，公司應先釐清稅局所詢問題之背後真意、並瞭解可能受影響之申報科目為何，再進一步試算可能受調整之金額以量化本次查核可能造成之稅務影響數。
接著，公司得判斷受查申報科目之風險程度，例如，相關適用稅法是否存在爭議？若是，就此爭議稅局是否往往作出不利於納稅義務人之核定？或者，公司是否能提出足夠之證據資料主張申報資料為真實？如此，公司便得從課稅事實、相關證據資料以及適用法令之綜合角度，先行評估本次查額的潛在稅務風險與具體影響。
同時，公司得致電予承辦稅務員，探詢承辦人針對本查核案之立場，例如：承辦人是否傾向速戰速決，盡快達成共識結案？或是否打算拉長查核時程，達成查核目標？或沒特定立場，其長官同意即可？抑或將嚴守稅法，不完全合規即全部調整等等。承辦人個人之查核態度，將會成為決定後續公司應對策略之重要參考標準。
謝昌君進一步建議，為避免稅務員於短時間內逕行核定，在查核過程中，公司得注意以下事項：
1. 注意承辦人給予之回覆期限，若時程實在過於倉促，得以書面方式申請延期。
2. 承辦人可能會提出多點要求，皆須逐點回覆，若逕自跳過某點未回覆，有時將可能成為稅局逕行核定之理由。
3. 隨時口頭與承辦人追蹤本案查核進度，讓承辦人感受到公司對其查核有足夠之重視，並耐心、友善地與稅務員溝通。所謂見面三分情，必要時，甚至得親自拜會承辦人以進一步當面說明並提示相關資料。
若承辦人感受到公司面對查核之積極配合態度而釋出透過協商結案之可能性，此時公司即須內部評估協商結案之利弊：
- 協商結案 - 同意剔除：省時省力、得控制補稅範圍，惟須放棄行政救濟之機會（通常此為稅局之協談條件之一，非從法律上根本失權）。
- 不協商結案 – 稅局查核剔除：行政救濟雖有機會撤銷原處分，惟稅局可能會嚴格查核其他科目並因此拉長查核時程。另外，亦須評估行政救濟之具體效益。
若公司評估後確定以協商方式結案，KPMG安侯建業稅務投資部副理林上軒建議可親自拜會承辦人，釋出協談誠意，並視承辦稅務員之個人特質與查核立場，以隨時調整並決定協商策略。此外，協談過程中，應本持互相尊重的態度，情緒化的討論對案情其實沒有幫助。
當面對國稅局之查核時，應冷靜應對稅務員之要求；同時，需具長期抗戰之準備；最重要者，公司應隨時評估風險，確定公司已/得擁有、掌握之證據資料、確定相關之適用法令，以決定何時該讓步、何時又該堅守立場。總體而言，公司應投入一定程度之資源處理稅局之查核，特別是稅局某年度之查核結果將可能牽連後續年度、甚至先前年度，公司不可不慎。因此，由上可知，處理稅局之查核實屬費時、費力並具一定程度專業性之工作，公司於查核過程中，亦可考慮尋求值得信賴之專業稅務團隊之協助，以期得以更高效之方式圓滿解決稅局之查核。
林上軒
KPMG安侯建業稅務投資部副理
