因應低稅率地區經濟實質法案已漸上軌道，集團價值鏈布局重新調整，企業基於提升營運效益考量，近期頻頻出現重組需求。當中若涉及直接移轉大陸股權的議題，當地稅務處理需參照財稅[2009]59號文件《關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》。KPMG安侯建業聯合會計師事務所稅務投資部執業會計師劉中惠提醒企業留意以下常見NG思維，以爭取適用最有利的稅務處理方式。

59號文就股權架構重組訂定了一系列適用免稅的條件，符合相關條件即可適用特殊性稅務處理，收購方及轉讓方對於被收購股權均按原計稅基礎確定，從而達到交易發生年度不需繳納企業所得稅的效果。

劉中惠會計師指出，重組特殊性稅務處理實質上是一種基於特殊交易模式的納稅義務遞延，並非免除企業所得稅納稅義務，而是將原本應在重組時點實現的納稅義務延後到以後處分相關股權時再實現，因此建議企業須綜合權衡交易各方納稅情況和未來的重大交易規劃等，以作出當下最有利於企業整體利益的適用選擇。例如，當轉讓方為具有即將到期鉅額虧損扣抵的大陸企業，即便適用一般性稅務處理，不僅不用額外繳交企業所得稅，還可墊高收購方的取得成本，未來處分稅負反而更有利。

適用特殊性稅務處理的企業，要面臨主管稅務機關對該項交易實質性的審核，以及往後年度主管稅務機關的管理，因此對於重組以往長期虧損，甚至資不抵債的公司，台商往往直覺性的選擇適用一般性稅務處理方式。

KPMG安侯建業稅務投資部協理任之恒提醒，一般性稅務處理中，股權移轉應以公允價格進行，並非僅參照公司的帳面淨值，故資產中如涉及不動產或土地使用權，以時價計算的影響就會很大。此外，如公司係從事銷售或研發等「以人為本」之業務形態，因涉及無形資產價值，難以單純從資產角度衡量，也曾出現稅局要求採取收益法來評估公司真實價值的案例。

KPMG畢馬威中國稅務合夥人鍾國華也分享實務處理經驗，在金稅三期的監控制度下，如發生股權移轉但又沒有繳稅，便可能觸發稽查警報。很多虧損公司禁不起移轉訂價的查核，相對於股權移轉的10%扣繳稅，移轉訂價調整將影響25%的額外稅負，衍生出更為龐大的稅務風險，故在進行重組調整前宜委請專業的團隊協助謹慎規劃，以爭取消弭潛在風險，或達致節稅效果。