台灣今年起加入實施「共同申報準則」（CRS），計畫在明年9月後進行首次資訊交換，自106年1月1日起台日租稅協定生效後，透過台日租協定避免雙重課稅的機制，許多日商確實降低了在台灣營運的稅賦負擔。但可能因或對相關規定的不甚熟悉，或在提出相關事證不夠明確，確實造成許多適用過程中的疑義。KPMG安侯建業稅務投資部執業會計師陳彩凰建議日商在適用租稅協定前，可事先與相關專家就自身情形討論，並備置相關佐證文件。

在台日租協避免雙重課稅的規定中，不同的所得類型將會負擔不同程度的在台稅賦，而不同所得類型的減免適用方式依規定也有所不同，因此減免規定是否需事前申請就是最為常見的適用問題之一。陳彩凰舉例，一般而言，關於日商符合協定之在台營業利潤，依規定需事前向給付人所在地之稅捐稽徵機關申請核准減免所得稅；取得核准前支付之金額仍應按20%進行扣繳，待取得核准後再申請退稅。而如為日商符合協定之股利、利息或權利金所得，給付人則得於支付時即按上限稅率10%扣繳。但此應於代扣稅款之日起10日內，向稅捐稽徵機關申報核驗相關扣繳憑單時，需併同檢附所填具的適用租稅協定上限稅率申報書及相關證明文件，以供稅捐稽徵機關審核。陳彩凰說，部分給付人因誤以為日商在台營業利潤無需事前申請即可適用租稅減免，以致於未即時取得稅捐稽徵機關之核准，且給付時自行認定無需依規定按20%扣繳。他說，雖然事後取得免稅核准，但是取得核准前之給付，仍依規定被認定為給付人未依盡扣繳義務而被處罰。

此外，營業利潤或權利金之所得性質認定亦為適用上常見的問題之一。KPMG安侯建業稅務投資部經理周有志則說，依台日租稅協定之規定，所謂權利金係指使用或有權使用專利權、商標權、著作權、秘密配方等，所取得作為對價之任何方式之給付；而營業利潤係指企業從事營業所賺得之利潤。雖然二者在性質上有所不同，但由於二者均為在台營運過程中常見的給付類型，致許多給付人對於所給付之所得性質常認定不清。他舉例，部分日商納稅義務人以在台營業據點給付予日本企業資訊系統技術服務費之內容申請營業利潤免稅時，主管機關質疑給付內容中是否包含日本企業授權在台營業運據點有權使用軟體著作權之權利金而非屬營業利潤，納稅義務人雖多次補正相關營業事證，但由於所提事證僅能證明部分給付內容確屬營業利潤，致主管機關僅先就該部分核准營業利潤免稅。

陳彩凰認為，在台日租稅協定生效後，確實為日商提供了降低在台灣稅賦負擔的另一項合法管道。但因或對相關規定不甚熟悉，或所提出相關事證不夠明確，常使適用過程中常生疑義。因此，建議日本企業所得人與台灣給付人事前針對所申請之交易內容切實理解其所得性質，而依據交易所得性質正確適用相關規定；並於交易過程中即時整理相關事證，以備申請過程中適時提出說明，以利主管機關正確核認相關租稅減免措施。