大陸財政部、海關總署與稅務總局於年初聯手頒布橫琴粵澳深度合作區（下稱「合作區」）的進出口稅收政策，而海關總署亦同時補充相關貨物監管指引。橫觀而言，中國稅收制度相對於依賴商品流轉環節，間接稅比重高，隨著各項地區優惠逐漸遍地開花，台商的租稅規劃及布局策略亦要與時並進，才能保存競爭力，持續提升營運及成本效益。
此次合作區的政策與大部分保稅區域的運作模式相似，從境外進入合作區的自用機器、設備、模具等納入「一線」管理，仍需進行進口貨物的海關檢驗檢疫措施，但可獲免徵進口關稅、進口環節增值稅和消費稅（除屬於明訂不適用免稅優惠的商品清單），惟須附帶相關監管年限。而從境外進入合作區的其他貨物如原材料等，則適用保稅政策。
至於從合作區進入大陸境內的貨物，則納入「二線」管理，需比照進口貨物辦理海關手續，申報繳納進口相關稅款，但不須再實施檢驗檢疫措施。需要注意，以上補繳稅款需要按照貨物離開合作區時的狀態計算，換言之，係按照出品價值來課徵進口稅款，不能比照其他海關監管區域的內銷選擇性徵稅措施，選擇回溯相關保稅原材料價值補稅加計利息的處理方式。
此外，對於大陸境內進入合作區的貨物，也需同樣比照辦理出口報關手續。除屬清單列名的貨物種類外，可適用出口退稅政策。惟適用的前提是貨物銷售對象為境外公司或個人，或於合作區內登記註冊的企業。其中一項常見誤區，為部分企業考慮保稅業務在境內流轉環節（即「深加工結轉」）所衍生的額外稅負成本，便通過「保稅區一日遊」的物流方式試圖消弭稅負影響，但卻忽視規定，直接以境內客戶為交易文件中的銷售對象。隨著近年法令變更，要求對出口交易開立稅務發票，搭配大數據查核下，不少類似情況均被系統揪出，引發補稅。
與此同時，此次橫琴粵澳深度合作區在政策定位上亦較為著重區內實際營運。對於合作區內已進行加工，整體增值達到30%的貨物，經「二線」進入大陸境內其他地區時可獲免徵進口關稅（但仍需課徵進口增值稅及消費稅）。同理，從境外經「一線」進入合作區的貨物，進口方亦必須為於合作區內註冊的企業法人，才可適用免稅或保稅。
在現時的全球趨勢下，台商於營運布局上要順應潮流，不僅利潤配置必須搭配經濟實質，適用租稅優惠也面臨更嚴謹的審視。如欲規畫以合作區作為分銷大陸客戶的物流平台，台商或外商亦可能要於當地成立公司，搭配適當的利潤配置與移轉訂價安排，而非單單通過租賃保稅倉庫的方式運作。
