Czy ewidencja księgowa do ulgi B+R musi być prowadzona na bieżąco?

Wprowadzenie: Analiza stanowiska WSA w Łodzi jako punkt wyjścia do dyskusji o ewidencji B+R

Ulga badawczo-rozwojowa (B+R) to jeden z najważniejszych instrumentów wspierających innowacyjność w polskim systemie podatkowym. Choć jej ustawowym celem jest stymulowanie przedsiębiorców do inwestycji w rozwój, rygorystyczne podejście niektórych składów orzekających do wymogów formalnych może stać się dla biznesu pewną barierą. Jaskrawym tego przykładem jest nieprawomocny wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 17 czerwca 2025 r. (sygn. akt I SA/Łd 208/25), który może rodzić pytania wśród podatników rozliczających ulgę, w tym w szczególności poprzez korekty zeznań podatkowych.

W analizowanej sprawie spółka złożyła korektę zeznania CIT-8 wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, wykazując koszty kwalifikowane ulgi B+R. W toku postępowania przedłożyła m.in. karty projektów, ewidencje czasu pracy, dokumentację płacową oraz zestawienie wyodrębnionych kosztów osobowych. Zgodnie z oceną Sądu dokumenty te nie zawierały jednak dat ich sporządzenia, a część z nich również oznaczenia autora lub jego podpisu. WSA w Łodzi zaakceptował ocenę organu, zgodnie z którą okoliczności te wskazywały, że dokumentacja została przygotowana dopiero na potrzeby uzyskania nadpłaty, bezpośrednio przed złożeniem korekty. Na tej podstawie Sąd stwierdził, że nie został spełniony warunek wyodrębnienia w 2023 r. kosztów działalności badawczo-rozwojowej.

Rozstrzygnięcie to rodzi istotny problem interpretacyjny: czy wymóg wynikający z art. 9 ust. 1b ustawy o CIT oznacza obowiązek wyodrębniania kosztów działalności B+R na bieżąco w roku podatkowym, czy też dopuszczalne jest ich retrospektywne odtworzenie oraz wyodrębnienie na podstawie istniejących i weryfikowalnych dokumentów, wiedzy lub danych źródłowych. Problem ten nie ogranicza się do przypadków, w których ulga B+R jest rozliczana w drodze korekty zeznania. W bardzo częstej praktyce wyodrębnienie kosztów działalności B+R może następować również po zakończeniu roku podatkowego, na etapie przygotowywania zeznania składanego za dany rok. W odniesieniu do tego wątku powstaje pytanie, czy podatnik musi przypisać koszty do działalności B+R już w trakcie roku, którego dotyczy odliczenie (w takim przypadku – w jakich interwałach czasowych), czy może dokonać takiego przypisania ex post – przykładowo po przeprowadzeniu specjalistycznego audytu – i uwzględnić jego wynik w zeznaniu składanym za dany rok podatkowy albo w późniejszej korekcie tego zeznania.

Niniejszy artykuł stanowi krytyczną analizę stanowiska WSA w Łodzi w zderzeniu z literalnym brzmieniem przepisów, systemową instytucją korekty deklaracji oraz ugruntowaną, odmienną praktyką interpretacyjną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej i wyrokami innych Sądów Administracyjnych.

Aby ocenić trafność stanowiska zajętego przez WSA w Łodzi, należy w pierwszej kolejności przeanalizować treść przepisów stanowiących źródło spornego obowiązku. Zgodnie z art. 9 ust. 1b ustawy o CIT, podatnicy prowadzący działalność badawczo-rozwojową, którzy zamierzają skorzystać z odliczenia, o którym mowa w art. 18d, są obowiązani w ewidencji rachunkowej wyodrębnić koszty działalności badawczo-rozwojowej.

Wykładnia językowa tego zapisu prowadzi do wniosku, że przepis określa precyzyjnie trzy elementy: co należy wyodrębnić (koszty działalności B+R), gdzie (w ewidencji rachunkowej) oraz w jakim celu (aby skorzystać z odliczenia). Ustawa nie definiuje natomiast ram czasowych ani interwałów, w jakich to działanie ma być realizowane. W treści art. 9 ust. 1b ustawy o CIT nie występują sformułowania takie jak „na bieżąco”, „w trakcie roku podatkowego”, „w momencie poniesienia kosztu” czy „przed zakończeniem roku podatkowego”.

Także w uzasadnieniu projektu ustawy wprowadzającej art. 9 ust. 1b ustawy o CIT wskazano wyłącznie na cel regulacji, jakim było wyodrębnienie kosztów działalności badawczo-rozwojowej. Nie określono natomiast sposobu ani momentu czy częstotliwości dokonywania takiego wyodrębnienia, w szczególności nie wskazano, że powinno ono następować na bieżąco.

W prawie podatkowym, a w szczególności w odniesieniu do przepisów określających warunki korzystania z ulg i preferencji, niedopuszczalne jest konstruowanie dodatkowych obowiązków na podstawie założeń organu lub sądu, jak powinien być zorganizowany proces dokumentacyjny podatnika. Co istotne, oficjalne stanowisko Ministerstwa Finansów wprost przeczy istnieniu obowiązku bieżącego prowadzenia takiej ewidencji. W oficjalnych wyjaśnieniach (FAQ) dotyczących ulgi B+R, na pytanie, czy ewidencję rachunkową z wyodrębnionymi kosztami B+R trzeba prowadzić na bieżąco, Ministerstwo odpowiada jednoznacznie: „Nie. Wystarczy, że wyodrębnisz te koszty na koniec roku podatkowego”. Wyjaśnienie to nie wskazuje przy tym, że wyodrębnienie kosztów nie może nastąpić na potrzeby korekty zeznania podatkowego. Sformułowanie „na koniec roku podatkowego” w praktyce należy rozumieć jako dokonanie wyodrębnienia na etapie rocznego rozliczenia CIT – w pierwotnym zeznaniu CIT-8 albo w jego korekcie. Jest to spójne z konstrukcją ulgi B+R, która jest rozliczana w zeznaniu rocznym, a nie w miesięcznych zaliczkach na CIT. Nie oznacza to przy tym, że same koszty są ujmowane w ewidencji rachunkowej dopiero ex post. Są one ewidencjonowane na zasadach ogólnych, zgodnie z ich charakterem i przyjętą polityką rachunkowości, natomiast następczo może nastąpić ich wyodrębnienie w dodatkowej ewidencji pomocniczej prowadzonej na potrzeby ulgi B+R.

Stanowisko resortu finansów jednoznacznie podważa założenie, że wyodrębnienie kosztów na potrzeby ulgi B+R musi być dokonywane w ewidencji systematycznie w ciągu danego roku. Skoro ustawodawca sformułował wymóg o charakterze rezultatu (wyodrębnienie kosztów w ewidencji za dany rok) to domaganie się od podatników dokonywania tego wyodrębnienia w czasie rzeczywistym stanowi tworzenie kryteriów pozaustawowych.

Stanowisko WSA w Łodzi rozmija się z dotychczasową praktyką Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) oraz przeważającą linią orzeczniczą Sądów Administracyjnych. Zarówno DKIS, jak i wyroki z ostatnich lat potwierdzają, że przepisy nie narzucają podatnikom żadnej konkretnej, sformalizowanej techniki prowadzenia ewidencji B+R, o ile pozwala ona precyzyjnie ustalić koszty kwalifikowane.

W uzasadnieniu interpretacji indywidualnej z 18 września 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.493.2025.2.JG) DKIS wprost stwierdził:

„Ustawa nie precyzuje jednak, w jaki sposób to wyodrębnienie powinno zostać wykonane. (…) podatnik ma obowiązek dokonać wyodrębnienia w taki sposób, aby możliwe było zidentyfikowanie kosztów kwalifikowanych, dających prawo do skorzystania z ulgi w kwocie odpowiedniej dla danej kategorii”.

W tej samej interpretacji DKIS dodaje:

„przepisy u.p.d.o.p. nie wskazują w jakiej formie powinno zostać dokonane wyodrębnienie, o którym mowa w art. 9 ust. 1b u.p.d.o.p. Przedmiotowe przepisy nie określają również minimalnych wymagań, jakie powinno spełniać narzędzie, które służy wyodrębnieniu wydatków poniesionych w związku z działalnością badawczo-rozwojową”.

W interpretacjach z 2025 r. i 2026 r. jednolicie przyjmuje się, że ustawodawca pozostawił przedsiębiorcom znaczną swobodę. W interpretacji z 9 maja 2025 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.108.2025.2.AZ) DKIS uznał za prawidłowe stanowisko, w którym wskazano, że ustawodawca nie narzucił przedsiębiorcom formy podziału/ wyodrębnienia kosztów. Wybór sposobu udokumentowania tych wydatków pozostawiony został podatnikom. Praktyka DKIS akceptuje ewidencję pomocniczą w pliku Excel (interpretacja z 21 lutego 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.800.2024.2.PC) czy arkusze Excel wspierane przez raporty i zestawienia systemowe (interpretacja z 7 stycznia 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.767.2024.1.JMS).

Brak narzuconej formy technicznej ewidencji potwierdza również stanowisko sądów administracyjnych. W wyroku z 24 czerwca 2025 r. (sygn. akt I SA/Po 151/25) WSA w Poznaniu wskazał, że ustawa nie precyzuje sposobu realizacji tego obowiązku, a liczy się sama możliwość powiązania kosztów z działalnością B+R. Z kolei WSA w Olsztynie w wyroku z 15 stycznia 2025 r. (sygn. akt I SA/Ol 451/24) wprost wyjaśnił relację przepisów o rachunkowości do samej ulgi, wskazując, że:

„Podkreślić należy, że ewidencją, o której mowa w art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., jest ewidencja rachunkowa prowadzona zgodnie z odrębnymi przepisami. W orzecznictwie NSA podnosi się, że sposób prowadzenia ewidencji musi pozwolić na precyzyjne określenie wysokości 'kosztów kwalifikowanych' oraz okresu (roku podatkowego), z którym koszty te są związane – tak aby móc precyzyjnie ustalić wielkość przysługującej podatnikowi ulgi.”

Z punktu widzenia dopuszczalności działań retrospektywnych, kluczowe znaczenie ma interpretacja z 19 maja 2026 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.158.2026.1.ZK). DKIS uznał w niej za prawidłowe stanowisko spółki, która dokonywała uporządkowania dokumentacji po zakończeniu roku podatkowego, potwierdzając, że:

„(...) dokonywane obecnie doprecyzowanie i uporządkowanie dokumentacji działalności badawczo-rozwojowej ma charakter odtworzeniowy i opiera się na istniejących danych źródłowych, w szczególności dokumentacji projektowej, ewidencji czasu pracy oraz materiałach technicznych powstałych w toku realizacji projektów, a jego celem jest jedynie właściwe odzwierciedlenie rzeczywistego przebiegu tych prac. Innymi słowy, dokumentacja ta nie kreuje nowych okoliczności faktycznych, lecz porządkuje i systematyzuje dane istniejące w momencie prowadzenia działalności”.

Zgodnie z art. 81 § 1 Ordynacji podatkowej podatnicy mają ustawowe prawo do korygowania uprzednio złożonych deklaracji, a ustawa o CIT nie wyłącza z tego mechanizmu ulgi B+R. W realiach gospodarczych przedsiębiorca rzadko ma pełną wiedzę w trakcie roku, czy dany projekt spełnia definicję działalności badawczo-rozwojowej. Co bardzo istotne, przedsiębiorcy bardzo często nie posiadają w ogóle wiedzy o istnieniu określonych ulg podatkowych ani o możliwości ich zastosowania do własnego stanu faktycznego. W praktyce w trakcie realizacji projektów przedsiębiorcy koncentrują się przede wszystkim na ich zakończeniu sukcesem a dopiero następczo dokonują oceny czy projekty mają charakter badawczo-rozwojowy i czy istnieje konieczność uzupełnienia dokumentacji i ewidencji. Taka identyfikacja wymaga przeprowadzenia audytu ex post – analizy dokumentacji projektowej, rozmów z personelem oraz weryfikacji list płac i innych dokumentów źródłowych.

W praktyce przez lata liczni podatnicy dokonywali korekt zeznań CIT właśnie dlatego, że dopiero w wyniku takiego audytu identyfikowali prowadzoną działalność B+R oraz związane z nią koszty kwalifikowane. Wcześniej mogli nie wiedzieć, które projekty spełniają przesłanki działalności badawczo-rozwojowej, albo w ogóle nie mieć świadomości możliwości skorzystania z ulgi. Skoro wyodrębnienie kosztów następowało dopiero po przeprowadzeniu analizy, podatnicy nie mogli posiadać wcześniej ewidencji sporządzonej specjalnie na potrzeby ulgi B+R. Konieczność następczego, ex post wyodrębnienia kosztów B+R w księgach pomocniczych  stanowiła istotę korekt zeznań podatkowych oraz wniosków o stwierdzenie nadpłaty składanych w związku z zamiarem skorzystania z ulgi B+R. Nie oznacza to jednak, że przedsiębiorcy nie mogli dokonać takiego wyodrębnienia na podstawie istniejących, obiektywnych i weryfikowalnych danych oraz poniesionych kosztów, a następnie rozliczyć ulgi w drodze korekty zeznania.

Późniejsza kalkulacja nie oznacza, że koszty powstały w chwili jej sporządzenia. Działalność została wykonana, a wydatki poniesione w przeszłości – retrospektywny audyt jedynie podatkowo porządkuje oraz klasyfikuje zdarzenia historyczne. Uzależnienie prawa do ulgi od bieżącego księgowania w trakcie roku de facto uniemożliwiałoby skorzystanie z  prawa do korekty. Podatnik, który nie rozpoznał ulgi przed złożeniem pierwotnego zeznania CIT-8, nigdy nie mógłby jej wykazać, co prowadziłoby do faktycznego i nieuzasadnionego ograniczenia uprawnienia wynikającego z Ordynacji podatkowej. Nie wolno utożsamiać daty technicznego sporządzenia kalkulacji i wyodrębnienia kosztów B+R z momentem powstania prawa materialnego do odliczenia.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi słusznie akcentuje spoczywający na podatniku ciężar dowodu w procesie weryfikacji kosztów kwalifikowanych, jednak automatyczna dyskwalifikacja dokumentacji z powodu jej retrospektywnego sporządzenia stanowi błąd metodologiczny i naruszenie zasad postępowania dowodowego. W sferze prawa podatkowego następcze ustrukturyzowanie i wyodrębnienie realnie poniesionych wydatków na podstawie obiektywnej i weryfikowalnej wiedzy źródłowej stanowić powinno realizację uprawnienia do korekty deklaracji.

Kluczowym wnioskiem dla praktyki gospodarczej pozostaje fakt, że komentowany wyrok WSA w Łodzi z dnia 17 czerwca 2025 r. (sygn. akt I SA/Łd 208/25) jest orzeczeniem nieprawomocnym. Rozstrzygnięcie to nie kształtuje jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych, lecz stanowi odosobniony przypadek, sprzeczny z dominującym kierunkiem wykładni. Podatnicy dysponujący materiałami oraz wiedzą źródłową – obejmującym m.in. dokumentację techniczno-projektową, czy dane o zaangażowaniu personelu oraz prowadzoną ogólną ewidencję rachunkową – powinni zachować, w ocenie autorów, pełne prawo do retrospektywnej alokacji kosztów. Działanie takie pozostaje w pełnej zgodzie z systemową konstrukcją art. 9 ust. 1b ustawy o CIT oraz ugruntowanym i oficjalnym stanowiskiem interpretacyjnym sądów administracyjnych, Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) oraz samego Ministerstwa Finansów.