関税評価額と移転価格税制における取引価格

これは、税務当局と関税当局双方が適正な価格での取引を要求している点については共通であるものの、取引価格の算定方法につき、両当局が独自の方法を有していることによっている。そのため、税務当局が考える適正な価格（独立企業間価格）の要件を充足しているとしても、必ずしも関税当局が考える適正な価格（特殊関係による影響を受けていない価格）ではない場合がある点に留意が必要である。

日本では移転価格税制は国税庁が、関税は関税局・税関がそれぞれの根拠法令に基づき執行を行っており、両税制を橋渡しする税制も現在の日本においては定められておらず、原則として独立したものとなっている。したがって移転価格のプランニングを行う際には、移転価格税制の観点からの価格調整のみならず関税のリスク評価を行い、適切な取引価格を設定することが必要である。

なお、移転価格上、価格調整金による調整（後述）やAPA締結後の補償調整（後述）など、事後的な調整が行われる場合がある。このような調整は法人税の課税所得調整を目的として行われるものであり、関税の評価額を調整することは一切考慮されていない。したがって、このような調整が行われる場合には、関税評価へどのような影響を及ぼすかを確認した上で、必要な関税評価上の調整を行う必要がある点、関税コンプライアンスの観点から注意が必要である。

法人が価格調整金等の目的で、既に行われた国外関連取引に係る対価の額を事後に変更している場合には、その変更が合理的な理由に基づく取引価格の修正に該当するものかどうかを検討する。その変更が国外関連者に対する金銭の支払又は費用等の計上（以下「支払等」という。）により行われている場合には、その支払等に係る理由、事前の取決めの内容、算定の方法及び計算根拠、その支払等を決定した日、その支払等をした日等を総合的に勘案して検討し、その支払等が合理的な理由に基づくものと認められるときは、取引価格の修正が行われたものとして取り扱う。なお、その支払等が合理的な理由に基づくものと認められない場合には、その支払等が国外関連者に対する寄附金とみなされる可能性もあるので、留意する必要がある。

補償調整とは、事前確認の確認対象期間中に行われた確認対象取引に係る実績値が確認内容に適合しないことが判明した場合において、企業が行う事前確認に係る価格の調整のことをいう。確定決算が相互協議の合意が成立した事前確認の内容に適合していないことにより所得金額が過大／過小となることが、確認事業年度に係る確定申告前に判明した場合には、確認法人は補償調整に係る相互協議の合意内容に従い、申告調整により所得金額を修正することができる。また、確定申告が相互協議の合意が成立した事前確認の内容に適合していないことにより所得金額が過大／過小となっていたことが、確認事業年度に係る確定申告後に判明した場合には、確認法人は補償調整に係る相互協議の合意内容に従い、更正の請求／修正申告を行うことができる。